BioRuby

bioruby fornece um ambiente integrado para Bioinformática (Biologia Ciência da Informação).
Objeto linguagem de script orientada Ruby tem muitos recursos adequados para bioinformática investigação, por exemplo, a sintaxe clara para expressar objetos complexos, expressões regulares para o manuseio de texto como poderosos como Perl & rsquo; s, uma grande variedade de bibliotecas, incluindo serviço de web etc.
Como a sintaxe Ruby é simples e muito limpos, nós acreditamos que é fácil de aprender para iniciantes, fácil de usar para os biólogos, e também poderoso o suficiente para os desenvolvedores de software.
Em bioruby, o desenvolvedor pode recuperar entradas de banco de dados biológicos de arquivos simples, servidores web de internet e bancos de dados relacionais locais.
Estas entradas de banco de dados pode ser analisada para extrair informações que você precisa. Sequências biológicas podem ser tratadas com os métodos de preenchimento do Ruby & rsquo; s classe String e com expressões regulares.
A biblioteca pode ser integrado com ferramentas como explosão, FASTA Hmmer e muitos outros pacotes de software para análise biológica.
 Bioruby suporta os principais formatos de bancos de dados biológicos e fornece muitas maneiras de acessá-las através de indexação flatfile, SQL, serviços da Web etc. Vários serviços web, incluindo KEGG API pode ser facilmente utilizado por bioruby.

Recursos :

• bioruby shell
• API
• Documentação

Requisitos :

• Rubi 1.8.7 ou superior