Biopython

Desenvolvido uma equipe internacional de desenvolvedores é um esforço colaborativo distribuído para desenvolver bibliotecas e aplicativos que atendam às necessidades de obras atuais e futuros em bioinformática Python.

O que é novo em nesta versão:.

• Bio.Phylo agora tem módulos de construção de árvore e de consenso, a partir do trabalho GSoC por Yanbo Ye
• Bio.Entrez vai agora fazer o download e armazenar em cache novos arquivos NCBI DTD para XML analisar sob o diretório home do usuário automaticamente (usando ~ / .biopython em sistemas baseados no Unix, e US $ APPDATA / biopython no Windows).
• Bio.Sequencing.Applications agora inclui um invólucro para a ferramenta de linha de comando samtools.
• Bio.PopGen.SimCoal agora também suporta fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-texto, hmmer3-tab, e hmmer3-domtab agora suporta a saída de hmmer3.1b1.
• BioSQL agora pode usar o pacote mysql-connector (disponível para Python 2, 3 e PyPy) como uma alternativa para MySQLdb (Python 2 apenas) para se conectar a um banco de dados MySQL.

O que é novo na versão 1.63:

• Agora usa o estilo Python 3 built-in função seguinte em método lugar de .next os Python 2 'iterators estilo ().
• A versão atual suprimiu o requisito da biblioteca 2to3.

O que é novo na versão 1.62:.

• Primeira versão da Biopython que apoia oficialmente Python 3

O que é novo na versão 1.60:

• Novo módulo Bio.bgzf suporta a leitura e gravação de arquivos BGZF ( Bloqueado GNU Zip Format), uma variante do GZIP com acesso aleatório eficiente, mais comumente usado como parte do formato de arquivo BAM e em TABIX.
• O analisador GenBank / EMBL agora vai dar um aviso sobre as localizações de recursos não reconhecidos e continuar a análise (deixando a localização do recurso como None).
• O Bio.PDB.MMCIFParser é compilado por padrão (mas ainda não está disponível no Jython, PyPy ou Python 3).

O que é novo na versão 1.59:

• Novos Bio.TogoWS módulo oferece um wrapper para o TogoWS DESCANSO API.
• O NCBI Fetch função Bio.Entrez.efetch foi atualizado para lidar com mais rigorosa a manipulação do NCBI de múltiplos argumentos de identificação em EFetch 2.0.

O que é novo na versão 1.58:

• A nova interface e analisadores para o PAML (filogenética análise por máxima verossimilhança) pacote de programas, codeml apoio, baseml e yn00, bem como um Python re-implementação do chi2 foi adicionado como o módulo Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO agora inclui suporte para ler arquivos ABI (& quot; Sanger & quot; arquivos de rastreamento de sequenciamento capilares, contendo chamado seqüência com qualidades PHRED)
.
• O Bio.AlignIO & quot; fasta-m10 & quot; parser foi atualizado para lidar com as linhas do marcador, usado de Bill Pearson FASTA versão 3.36.

O que é novo na versão 1.57:.

• Biopython agora pode ser instalado com pip

O que é novo na versão 1.56:

• O módulo Bio.SeqIO foi atualizado para suportar proteína EMBL arquivos (utilizadas para o banco de dados de patentes), arquivos IMGT (uma variante do formato de arquivo EMBL, com a ajuda de Uri Laserson), e arquivos XML UniProt.

O que é novo na versão 1.55:

• Um monte de trabalho tem sido no sentido Python 3 apoio (via o script 2to3), mas a menos que nós quebramos algo que você não deve notar qualquer alteração.
• Em termos de novos recursos, o destaque mais notável é que as classes de mensagens de aplicação da ferramenta de linha de comando são agora executável, o que deve torná-lo muito mais fácil de chamar ferramentas externas.

Requisitos :

• Python 2.6 ou superior