goby

goby é uma API Python para a leitura de arquivos de dados binários criada usando o framework de gerenciamento de dados Goby next-gen.
Normalmente, esse diretório vem como parte do pacote de Goby completo, disponível em:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
O pacote completo inclui o código fonte Java. Se você baixou o pacote de PyPI ou alguma outra fonte específica do Python, você pode ter recebido apenas a parte do código Python.
Desenvolvimento Aviso
As bibliotecas Goby Python não são tão madura como a implementação Java. Pode ser mais buggy e não se destina a proporcionar o conjunto completo de características que são encontrados na versão Java.
Instalação:
& Nbsp; 1. Certifique-se de ter o Python 2.5 ou mais recente. Em caso de dúvida, execute:
python -V
& Nbsp; 2. Faça o download e instalar os pacotes pré-requisito Python:
& Nbsp; 1. Buffers de protocolo
& Nbsp; Disponível a partir http://code.google.com/p/protobuf/ ou PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - substituição Python para java.util.Properties
& Nbsp; Disponível a partir http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Instale o pacote Goby:
python setup.py instalar
& Nbsp; Este passo pode exigir privilégios de superusuário.
Uso:
Os scripts de exemplo são fornecidos para demonstrar como acessar o conteúdo de arquivos Goby em Python.
& Nbsp; * Aqui é como digitalizar um documento do alinhamento Goby:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Os arquivos basename.entries e basename.header deve sair.)
& Nbsp; * O próximo comando irá imprimir o conteúdo de um arquivo de alinhamento como texto:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * O próximo comando irá converter um compacto lê arquivo para o formato fasta:
GobyCompactToFasta.py file.compact-lê
& Nbsp; * O próximo comando irá imprimir as estatísticas sobre o conteúdo de um compacto lê arquivo:
GobyReadsStats.py file.compact-lê

Requisitos :

• Python