Cell Eletrofisiologia Simulation Environment (CESE) é um quadro abrangente projetado especificamente para realizar simulações computacionais eletrofisiológicos, por exemplo, simulações de miócitos cardíacos atividade elétrica.
Celular Eletrofisiologia Simulation Environment é útil para simulações de potenciais de ação, correntes iônicas individuais, e as mudanças nas concentrações iônicas.
CESE é um programa multi-plataforma, e roda em qualquer sistema que tenha Java Runtime Environment (JRE) versão 1.4 ou superior. Ele foi testado em Windows, Linux, Solaris, MacOS X, e AIX.
Usuários CESE
CESE é um ambiente integrado para a realização de simulações computacionais utilizando uma variedade de modelos electrofisiológicos.
Nesta fase CESE permite a criação e execução dos modelos de célula única (contendo tanto Hodgkin-Huxley (HH) e formulações atuais Markovian). Todos os modelos de atividade elétrica dos miócitos cardíacos com código-fonte está incluído na distribuição CESE. Esperamos aumentar o número de modelos disponíveis, e adicionar alguns modelos neuronais no futuro.
A principal força do CESE está em sua uniformidade & # 65533; uma interface de programa mantém-se o mesmo para diferentes tipos de modelos. Você pode facilmente alternar entre modelos e comparar resultados de simulação. Os parâmetros do modelo podem ser modificados, seleccionado para a saída e / ou fixada da mesma maneira, padrão.
CESE estende o significado electrofisiológico convencional do "voltage clamp". Você pode prender praticamente qualquer variável do modelo, incluindo tensão (potencial de membrana), correntes iônicas totais ou individuais, concentrações iônicas, temperatura, variáveis de propagação, etc. Os comandos de aperto podem ser funções piece-wise complexos, definidos individualmente para a variável do modelo de interesse . Isso abre possibilidades infinitas para a exploração do comportamento do modelo complexo.
CESE fornece visualizações de dados simples, mas eficientes. Os resultados das simulações podem ser apresentadas nos formulários gráficos e tabulados. A parcela pode ser personalizado, e regiões de interesse ampliada.
Mesmo que CESE não foi projetado para ser uma ferramenta de análise de dados, você pode gerar relações corrente-tensão (I-Vs) e calcular parâmetros estatísticos para um determinado sinal dentro do programa. Você pode exportar os dados para ASCII, Axon arquivo de texto (ATF), e formatos NetCDF para continuar a análise em seu pacote favorito.
Desenvolvedores CESE
CESE foi criado a partir do zero para incorporar as melhores práticas de programação disponíveis para os desenvolvedores Java, tanto em termos de consistência da interface do usuário e clareza de código e reutilização. Sempre que possível, CESE contar com APIs Java disponíveis (por exemplo Java2D, JavaBeans, JAXP) para simplificar o código.
Criação de modelo requer um número de funções de manutenção da casa de ser codificada & # 65533; estes incluem integradores de ODE, rotinas para manipulação de parâmetros do modelo, salvar / restaurar o estado do modelo, visualizando os resultados da simulação, etc. CESE fornece implementação para essas rotinas, daí, você pode se concentrar em escrever o código para corrente iônica concreto (s), e CESE irá lidar com o resto.
CESE não está tentando criar quadros de programação complicadas em seu próprio & # 65533; em vez disso, utiliza núcleo APIs Java. Por exemplo, os modelos são componentes Java em conformidade com a especificação JavaBeans. Nós usamos XML para especificar comandos de aperto, e Java serialização de objetos para salvar / restaurar parâmetros do modelo.
O que há de novo nesta versão:
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