mpiBLAST é uma implementação paralela com base MPI do NCBI BLAST. O projeto consiste em um par de programas que substituem formatdb e blastall com versões que executam jobs do BLAST em paralelo em um cluster de computadores com MPI instalados. Existem duas principais vantagens de se utilizar mpiBLAST contra BLAST tradicional.
Primeiro, mpiBLAST divide o banco de dados em cada nó no cluster. Porque segmento de cada nó do banco de dados é menor que geralmente podem residir no buffer-cache, produzindo uma aceleração significativa devido à eliminação de disco I / O. Em segundo lugar, permite que os usuários BLAST para aproveitar eficientes e de baixo custo clusters Beowulf porque as exigências de comunicação interprocessor são baixos.
mpiBLAST alcança aceleração super-linear em situações em que o banco de dados é muito grande para caber na memória RAM, e perto de aceleração linear em outras situações. Não requer um cluster dedicado.
Requisitos:
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