CodonW

CodonW é um programa desenhado para simplificar a análise multivariada (análise de correspondência) do uso de ácido códon e amino. Ele também calcula índices padrão de utilização de codões. Tem tanto menu e interfaces de linha de comando.
O projeto CodonW foi escrito por John Peden no laboratório de Paul Afiado, Departamento de Genética da Universidade de Nottingham. John está trabalhando em genética humana e atualmente é empregado como ProCardis gerenciador de banco no WTCHG na Universidade de Oxford.
Aqui estão algumas características-chave de "CodonW":
Escrito em ANSI C
· Menu dirigido
· Amplo número de opções de linha de comando
· Código genético independente
· Não há limites para
1. número de sequências
2. Sequência de comprimento
· Calcula os índices de utilização de codões
Índice de adaptação Codon: 1. CAI
2. Fop: Frequência de códons ótimos
3. Nc: número efetivo de códons
4. CBI: Codon Bias Index
· Calcula índices de aminoácido
Pontuação 1. MOLHO
2. Aromaticity
· Calcula análise de correspondência de
1. Codon Uso
2. RSCU (Relativa utilização de codão sinónimo)
3. Uso de aminoácidos
· Análise de correspondência
1. pode incluir / excluir códons / aminoácidos
2. pode gerar relatórios detalhados de tendências
3. tentativas para identificar os codões óptimos automaticamente
4. pode permitir que dados adicionais define a ser adicionado
5. registra qualquer número de tendências
· Calcula parâmetros de genes
Comprimento 1. Gene
2. GC, GC3s e posição códon específico G + C
3. composição Dinucleotide (em todos os três quadros códon)
4. uso de aminoácidos
5. Relativa uso aminoácido
6. Uso Codon
7. Relativa uso códon Sinônimo
· Pode conceitualmente traduz sequências para a proteína
· Reformata dados sequência
· Humano ou máquina de saída legível
· Pode concatenar genes (muito embora preservando quadro de leitura) para calcular
1. uso geral códon
Conteúdo GC 2.
Composição 3. Dinucleotide
· Gera tabelas de códon, aminoácido, ou uso RSCU
· Pode até mesmo ajudá-lo a aprender o código genético.
· E mais