SSuMMo é uma biblioteca de funções projetadas em torno de forma iterativa usando hmmer atribuir sequências de taxa. & Nbsp; Os resultados são altamente árvores anotados mostrando espécies / distribuição do gênero dentro dessa comunidade.
Programas incluídos com o código-fonte incluem ferramentas para: -
- Construir um banco de dados hierárquica de ocultos de Markov Models - dictify.py;
- Alocar sequências de nomes taxonômicos reconhecidos - SSUMMO.py;
- Analisar a diversidade biológica, utilizando Simpson, Shannon e outros rankAbundance.py métodos-;
- Visualizar os resultados como cladogramas com uma capacidade distinta para facilmente cross-comparar conjuntos de dados - comparative_results.py
- Converter resultados para o formato phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Representação de construção html - dict_to_html.py.
- Curvas de rarefação de enredo e calcular correspondente índices de biodiversidade
Código-fonte Python é fornecido aqui, no Google Code. O banco de dados pré-construídos hierárquica de HMMs, bem como um banco de dados SQL otimizado taxonomia (usado para deduzir fileiras de cada taxon) pode ser baixado a partir de: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Para instalar informações, por favor consulte o LEIA-ME. Para informações de uso, há um wiki (acima), e um Manual do Usuário preliminar foi adicionado ao tronco svn
Requisitos :.
- Python
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