Staden Package

Staden Package é um conjunto plenamente desenvolvido de montagem sequência de ADN (Gap4), edição e ferramentas de análise (rotação) para Unix, Linux, MacOSX e MS Windows.
Na frente de Gap4 houve várias menor juntar relacionado
melhorias na forma como ela se junta a dezenas Encontre Interno junta ea
funcionalidade do botão align no Editor Junte-se.
Também de importância para gap4 são as várias mudanças para io_lib (o
biblioteca para toda E / S para vários formatos de arquivo de rastreamento). Com a adição
de um novo programa hash_exp agora permite que os arquivos experimento a ser
concatenados e indexados. A lista de nomes de arquivos experimento
stil deve ser fornecido para gap4, mas desde que o ambiente EXP_PATH
variável foi definida corretamente gap4 será capaz de buscar indivíduo
sequências fora do ficheiro de experiência concatenada
arquivo. Melhorias na interface do usuário para isso ainda precisa ser
feita.
454 arquivos SFF estão agora melhor suportada. Os índices defsult 454
agora funcionar, embora o programa hash_sff pode ser usado para fornecer um
Estratégia alternativa de indexação (possivelmente mais rápida, em alguns casos).
Gap4 e Trev também têm um outro estilo de exibição de rastreamento para rastreamentos que
tem uma varredura amostra (canais x4) por chamada base. Neste caso, pode
também chamar a 4 valores de confiança, em vez de 1 por base. Essas habilidades
irá permitir uma melhor integração dos Solexa traça quando mais facilmente
disponível.
Além disso, claro, a habitual mistura de correções de bugs e pequenos ajustes. Veja a
log completa mudança para mais detalhes (via site da SourceForge).
Outras mudanças notáveis
Gap4