edittag

edittag é uma coleção aplicativo para projetar conjuntos de editar etiquetas de seqüências métricas, verificando etiquetas de seqüências para a conformação à métrica editar e integrar etiquetas de seqüências para adaptadores de sequenciamento específicos da plataforma e iniciadores de PCR. edittag difere de outras abordagens:
& Nbsp; * edittag gera comprimentos arbitrários de etiquetas de seqüências editar-métrica em prazos razoáveis ​​usando multiprocessamento
& Nbsp; * edittag produz conjuntos de tags seqüência métrica editar estar de acordo com a distância de edição selecionada
& Nbsp; * edittag usado Primer3 integrar etiquetas de seqüências de primers de PCR
Nós fornecemos vários grandes conjuntos de editar métrica etiquetas de seqüências projetados usando edittag nos seguintes formatos:
& Nbsp; * texto - este arquivo está em um formato apropriado para check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * .csv
& Nbsp; * banco de dados SQLite
Citação
Faircloth BC, Glenn TC. Grandes conjuntos de edit-métrica de identificação da sequência
tags para facilitar a multiplexação em larga escala de leituras de massivamente
sequenciamento paralelo. doi_
Instalação:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
package.tar.gz wget
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py instalar
repositório
git git clone: ​​//github.com/baddna/edittag.git edittag
pacote opcional (py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py instalar
pacote opcional (Primer3)
Se você deseja projetar primers incorporando editar métrica etiquetas de seqüências, é necessário primeiro instalar uma versão modificada do Primer3:
git git clone: ​​//github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-Primer3 / src
fazer
make install
Certifique-se de mover os binários de mod-Primer3 para um local no seu caminho (mover pelo menos longo Primer3-e primer3_config no mesmo diretório em seu caminho). Você pode então executar

Requisitos :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-Primer3