NeuronVisio

NeuronVisio conecta com NEURON usando a nova interface Python neurônio.
Instalação:
Para instalar NeuronVisio você precisa para satisfazer as seguintes dependências
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * visuais
& Nbsp; * matplotlib
Instalação Fácil
A maneira mais fácil de chegar neuronvisio é se você tem setuptools instalado:
easy_install neuronvisio
Sem setuptools, ainda é muito fácil. Faça o download do arquivo a partir da página neuronvisio.tgz Cheeseshop de neuronvisio, descompacte-o e execute:
python setup.py instalar
Documentação
A documentação está disponível na pasta doc ou online.
Início rápido
Este código é apenas para dar uma idéia de como usar o módulo nrnvisio:
1. fogo até um console ipython com interruptor Pylab .:
& Nbsp; ipython -pylab # Se você não usar a opção que você não vai ver qualquer gráfico.
2. Importe o módulo:
& Nbsp; de neuronvisio.controls importar Controls
& nbsp; Controles = Controls ()
Quando nrnvisio é iniciado o fio é lançado. Neste fio todo o processo de nrnvisio vai acontecer sem bloquear o console.
Como um exemplo rápido o seguinte código:
& Nbsp; 1. Cria uma única seção chamada soma
& Nbsp; 2. Insira um canal Hodgkey-Huxley e uma condutância passiva
& Nbsp; 3. Insira um alphaSynapse para fornecer uma stimul.
Um exemplo rápido pode ser o seguinte ::
a partir de controles de importação nrnvisio.controls
Controles = Controls () # A partir do GUI
de importação neurônio h # Obtendo o HocInterpreter
Soma = h.Section () # Criando uma seção
soma.insert ('hh') # Inserindo um canal HH
soma.insert ('pas') # inserindo uma condutância passiva
syn = h.AlphaSynapse (0,5, sec = soma) de entrada # sináptica
syn.onset = 0,5 # quando a disparar
syn.gmax = 0,05 # a condutância da sinapse
syn.e = 0 # o potencial de inversão
Mais exemplo no exemplo diretório mostram como usar Neuronvisio com modelo mais complexo

Características :.

• visualização 3D do modelo com a possibilidade de alterá-lo em tempo de execução
• Criação de vetores para gravar todas as variáveis ​​presentes na seção
• integração Pylab para traçar diretamente o resultado da simulação
• Exploração do timecourse de qualquer variável entre tempo usando uma escala de código de cores
• o GUI é executado em seu próprio segmento, por isso é possível usar o console (ipython fortemente sugerido)

Requisitos :

• Python