GAMGI

GAMGI é um projeto de software totalmente gratuito e de código aberto projetado desde o início para ser usado para criar e analisar estruturas atômicas. Ele possui uma interface gráfica simples, limpa, fácil de usar e poderosa.

O aplicativo suporta uma ampla gama de estruturas atômicas, como cristais, moléculas, líquidos e vidros. Ele também suporta os 230 grupos de espaço cristalográfico e pode ser usado para executar a análise 3D de Voronoi e apontar a simetria.

O GAMGI suporta muitos tipos de objetos, incluindo texto, orbital, ligação, átomo, direção, plano, grupo, molécula, cluster, célula, seta, forma, gráfico, montagem, luz, camada e janela. Além disso, o programa oferece controle máximo sobre objetos de baixo nível como átomos.

Entre outras características, podemos mencionar a capacidade de construir estruturas RCP (Random Close Packing), cristais para qualquer grupo espacial de simetria, bem como poliedros de coordenação e Voronoi para estruturas aleatórias. Também pode determinar qualquer grupo de pontos de simetria.

vem com documentação abrangente

Outra característica interessante é a capacidade de executar ações em uma lista de objetos ou um único objeto que foi destacado anteriormente. Ele vem com documentação abrangente e dados atômicos, incluindo dados isotópicos e raio iônico. Além disso, o software pode manipular uma grande quantidade de janelas independentes, luzes, incluindo spot, direcional e posicional, camadas com várias visibilidades, referenciais, visores ou projeções, além de fontes de texto 3D que podem ser tocadas ou extrudadas.

O aplicativo GAMGI também pode ser usado em escolas e universidades para ensinar a estrutura atômica da matéria. É a ferramenta perfeita para os cientistas que trabalham em modelagem atomística, bem como para aqueles que precisam de um aplicativo de código aberto para estudar estruturas atômicas e preparar imagens para suas apresentações.

O que é novo nesta versão:

• Ajuda atualizada & gt; Arquivos de configuração para objetos Light e Atom.
• Árvores gamgi-g e gamgi-x sincronizadas.
• Atualizado gamgi_expat_import_object: importar os dados do objeto Cell para arquivos XML com as novas regras de configuração deve funcionar bem.
• Atualizado gamgi_expat_export_object: exportar dados do objeto Cell para arquivos XML com as novas regras de configuração agora está funcionando bem.
• Nos modificadores Cell- & gt; Create e Cell- & gt; Modify, os vetores Origin e Axes agora são atualizados automaticamente para as opções padrão (Convencional ou Primitiva) quando o Modelo muda.
• Célula substituída- & gt; bordas = FALSO por célula- & gt; bordas = GAMGI_PHYS_NONE, no código engine, gtk, expat e mesa.
• Atualizado gamgi_expat_export_config: exportar dados de configuração da célula para arquivos XML agora está funcionando bem
• Atualizado gamgi_expat_import_config: importar dados de configuração da célula de arquivos XML agora está funcionando bem
• Melhorou a caixa de diálogo Configurar celular & gt; para manipular também os valores padrão de modelo, bordas, faces e nós.
• Objetos reprojetados - & gt; Diálogos de configuração: os dados de configuração agora são separados em dados padrão (nas páginas com os mesmos nomes das caixas de diálogo Objeto-> Criar) e globais (aplicados a todos os objetos, antigos e novo), na página do caderno Global (último). Diálogos afetados: Atom- & gt; Config, Cell- & gt; Config, Light- & gt; Config.
• Implementei o diálogo Cell-& gt; Config e a infra-estrutura. O tamanho das linhas de borda da célula, pontos do nó e eixos do vetor agora podem ser definidos globalmente para todas as células no GAMGI, um recurso muito necessário. Valores padrão para uso de cores e eixos de células também foram definidos.
• Corrigido um problema no gamgi_gtk_bond_create: o conjunto de cores em static_init ignorava os dados de configuração anteriores.
• Corrigido um problema em gamgi_mesa_draw_pick e gamgi_mesa_draw_grab: a largura do ponto de renderização da célula era definida como largura da linha em vez de largura do ponto.

O que há de novo na versão:

• Corrigido um bug que acabamos de introduzir: não podemos descomprimir o visual do GDK depois de remover um contexto GL. Acabei de remover este código. Aparentemente, o GTK faz isso quando o widget é destruído.
• Gamgi_gtk_area.c aprimorado, usado na versão X do GAMGI, que substitui a biblioteca GTKGLExt por nosso próprio código baseado em GLX. Javier Cabezas portou este código para o GTK 3 e está funcionando bem! Alterações com portações posteriores, portanto, as diferenças entre o código para o GTK 2 e o GTK 3 são absolutamente mínimas.
• Não podemos usar cores r, g, b por causa dos eixos das células a, b, c.
• Layout de Eixos aprimorados nos diálogos Orbital- & gt; Criar e Orbital- & gt; Modificar.
• Alterou o modelo de etiqueta para o escopo no Orbital- & gt; Create e Orbital- & gt; Modifique e altere a interface da Ajuda de acordo.
• Verificou todas as páginas de documentação dos Formatos de Ajuda.
• Documentação de ajuda atualizada para os formatos de cluster.

As matrizes de tintas
• cluster- & gt; não são mais terminadas com zero.
• Ramos gamgi e gamgi_exp sincronizados.
• Em arquivos XML, em elementos de grupo, substituiu o tipo de atributo por referência.
• Documentação de ajuda atualizada para formatos de plano e direção.
• Documentação de Ajuda atualizada para Interfaces e Formatos do Grupo.
• Renovou a marca da UE GAMGI até 2024.
• Atualizou o código-fonte e a licença de documentação para a GPL v3.
• Começou a usar o sha256sum para verificar todos os arquivos de distribuição.
• Renovou o registro do nome de domínio gamgi.org até 2020.

O que há de novo na versão 0.17:

• Corrigido um bug no arquivo makefile (introduzido no gamgi0.15.6) na ramificação GAMGI que não requer a biblioteca GtkGlExt: as regras de criação continham dependências do gtkglext que não deveriam estar presentes.
• Planos e direções agora podem ser selecionados pela rede de projeção: Wulff ou Schmidt.
• Código sincronizado, documentação e arquivos de dados entre as árvores de distribuição gamgi e gamgi_exp.
• Arquivos XML datados / orbitais verificados para atualizar os atributos dos eixos orbitais.
• Verificou todos os arquivos dat / XML para substituir o tipo de atributo por rótulo, em elementos de átomo.
• Verificou todos os arquivos dat / XML para substituir o tipo de atributo por modelo, em plano, direção, elementos de célula.
• Por uma questão de consistência, substituímos globalmente a projeção de nome por rede em código de direção e plano e elementos XML.
• Por uma questão de consistência, substituímos globalmente o tipo de nome por modelo em célula, plano, código de direção e elementos XML.
• Tipo de rótulo alterado para modelo em celular- & gt; Criar e celular- & gt; Modificar.
• Método de etiqueta alterada para digitar Bond- & gt; Criar.
• Ajuda atualizada - & gt; Documentação de formatos para objetos Plano e Direção XML.
• Ajuda atualizada & gt; Documentação de interfaces para Tipo e projeção em Planejar & gt; Criar, Planejar & gt; Modificar, Direção & gt; Criar, Direção & gt; Modificar.
• A temperatura atômica de Debye-Waller agora pode receber valores apenas entre 0,0 (azul) e 100,0 (vermelho), como é usual nesta análise.
• Documentação atualizada de interfaces e formatos para objetos Bond.
• Corrigida a temperatura atômica padrão de Debye-Waller: o novo valor é 0.0, correspondendo a um átomo com uma posição bem conhecida.
• Documentação atualizada de formatos para objetos Atom e Cell.
• O tópico Ajuda e & gt; Atual e Ajuda- & gt; agora pode ler a documentação do Orbital- & gt; Modificar.
• Escreveu documentação para o Orbital- & gt; Modificar.
• Documentação atualizada para o Orbital- & gt; Criar.
• Agora, os eixos orbitais são tratados de maneira muito mais simples, nos arquivos nativos Orbital- & gt; Create, Orbital- & gt; Modify e XML.
• Orbital- & gt; A seleção agora funciona bem para todas as opções, incluindo as muitas propriedades que podem ser usadas para selecionar orbitais.
• Simplificou um pouco as funções gamgi_gtk_select _ *. c.
• Corrigidos dois erros no código dos orbitais H, introduzidos no GAMGI 0.16.6: 1) os termos rho ** L (dos polinômios de Laguerre) e 1 / r ** L (das funções de Legendre) se anulam , além de uma constante que estava faltando. 2) faltava o cálculo do raio padrão no termo rho ** L.
• As listas de planos agora podem ser selecionadas por modelo: Polígono, Pólo, Rastreamento, Vetor.
• Listas de rotas agora podem ser selecionadas por modelo: Linha, Pólo, Rastreio.

O que há de novo na versão 0.16.8:

• Em projeções estereográficas, aumentou ligeiramente a altura-z nos bitmaps dos pólos (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), de modo que estes sempre aparecem acima dos traços. Isso corrige uma falha visual, mas também facilita a seleção de postes com traços ao redor, já que as cores agora estão claramente separadas.
• ramificações sincronizadas de código gamgi e gamgi_exp.
• Atualização da static_press no Plane- & gt; Modify and Direcyion- & gt; Modify, para que o nome do objeto não seja substituído pela configuração automática do nome.
• Alteração automática de nome no Plane-> Modificar e Direção- & gt; A modificação está funcionando bem agora, para planos cristalográficos, diretões.
• Encontrou e removeu um erro no Plane- & gt; Create e Direction- & gt; Create: em alguns casos, o nome do objeto indicado pelo usuário foi ignorado.
• Encontrou e removeu um bug sério no Plane- & gt; Create e Direction- & gt; Create: depois de criar planos / direções usando listas criadas anteriormente com a caixa de diálogo List second level, elas não foram redefinidas corretamente. Em algumas circunstâncias, isso poderia falhar GAMGI.
• Encontrou e removeu um bug no Plane- & gt; Create e Direction- & gt; Create: Pole e Trace não foram criados simultaneosuly, quando necessário, apenas um de cada vez.
• Orbital- & gt; A seleção agora está funcionando. As listas de orbitais podem ser copiadas, vinculadas, selecionadas, modificadas, removidas, como para outros objetos.
• ramificações sincronizadas de código gamgi e gamgi_exp.
• Fixed Cell- & gt; Link: está funcionando (de novo) bem para listas de Células, nos modos Objeto (acima e abaixo), Cristal e Aleatório.
• Encontrou e removeu um bug simples, mas sério: quando várias janelas estavam abertas e uma lista de objetos estava ativa e selecionada como o objeto atual, Reset (mas não Sair) iria travar o Gamgi.
• O Cell-& gt; Link Random (RCP) não estava funcionando: substituído por um código mais antigo. O link Cell- & gt; precisa de mais trabalho.
• Compilando novamente com o sinalizador -O3.
• Corrigido um erro grave em todos os diálogos Objeto- & gt; Selecionar, no método Região: quando o retângulo de amostragem não estava totalmente dentro da área gráfica, algumas das cores amostradas seriam indefinidas e o GAMGI travaria ao pressionar Ok. As falhas foram detectadas há muito tempo, mas a causa ainda não estava clara.

O que há de novo na versão 0.16.7:

• Árvores de dados gamgi / dat e gamgi_exp / dat sincronizadas.
• Árvores de documentação gamgi / doc e gamgi_exp / doc sincronizadas.
• Árvores de código gamgi / src e gamgi_exp / src sincronizadas.
• Corrigido mais falhas de GUI no Orbital- & gt; Modificar.
• Corrigidos Orbitais- & gt; Modificar falhas: os pontos orbitais- & gt; devem ser redefinidos para 0.
• www.gamgi.org e ftp.gamgi.org agora são servidos por uma VM hospedada no centro de TI da Universidade de Lisboa. Espero que isso signifique conexões mais confiáveis ​​e menos tempo esgotado.
• Alteração automática de nome no Orbital- & gt; A modificação está funcionando bem agora.
• Alteração automática de nome no Atom- & gt; A modificação está funcionando bem agora.
• Alteração automática de nome implementada no Atom- & gt; Modificar.
• Alteração de nome automática implementada em Orbital- & gt; Modificar.
• Orbital- & gt; Modify agora está trabalhando para orbitais únicos. Listas de orbitais devem estar trabalhando no próximo lançamento.
• Tradução, Rotação, agora funcionam bem para o Orbital- & gt; Modificar.
• static_apply para Orbital- & gt; A modificação é feita principalmente.
• Complete static_grab para Orbital- & gt; Modificar.
• Adicionados static_ok_global e static_ok_local para Orbital- & gt; Modificar.
• static_press concluído para Orbital- & gt; Modificar.
• O comportamento da GUI para Orbital- & gt; Modificar está quase concluído.
• Comecei a trabalhar no Orbital- & gt; Modificar e Orbital- & gt; Selecionar.
• Atualizado gamgi_mesa_pick.c e gamgi_mesa_grab.c para levar em consideração representações sólidas de orbitais.
• Corrigido um pequeno erro no código de desenho da mesa dos eixos orbitais.
• Os polinômios de Laguerre têm um fator r ** L (L = número quântico angular) que cancela exatamente com o fator 1 / r ** L das funções de Legendre, então as descrições matemáticas dos orbitais H tornam-se muito mais simples! Obrigado a José Luis Martins por me indicar isso! Para densidades de probabilidade tão baixas (1E-6), as questões numéricas são tão sensíveis que as representações visuais orbitais são um pouco diferentes, mesmo para L = 1, após essa simplificação.

O que há de novo na versão 0.16.6:

• Árvores de códigos-fonte gamgi / dat e gamgi_exp / dat sincronizadas.
• Árvores de código fonte gamgi / src e gamgi_exp / src sincronizadas.
• Adicionadas capturas de tela mostrando as novas representações para orbitais.
• Precisão de phi, phi ligeiramente aumentada ao determinar o raio de amostragem padrão orbital: testado contra (6,5, -5) orbital (6hy5).
• Código depurado para executar interpolação de sinal em orbitais sólidos. Está funcionando bem agora! Este foi realmente o último obstáculo para ter uma representação orbital de classe mundial no GAMGI! Hora de screenshots! Futuramente, tentaremos reduzir o número de vértices, normais e triângulos, e poderemos implementar o sombreamento Gorauld, mas nada disso mudará as capacidades científicas e visuais do nosso modelo atual. Um copo de Porto para celebrar!
• Implementado um método para realizar interpolação de sinal em orbitais sólidos, para resolver o problema de imprecisão de mudança de sinal encontrado anteriormente.
• Código limpo em gamgi_chem_orbital.c e gamgi_chem_orbital.h.
• Corrigido um erro: a densidade de probabilidade orbital não foi exportada corretamente para arquivos XML.
• Os eixos orbitais agora são mais simples de usar e têm mais opções.
• O código de sinal está funcionando agora: os orbitais 3D parecem realmente fantásticos, mas o código do sinal deve ser refinado, pois a falta de interpolação resulta em muito ruído visual quando o sinal muda.
• Corrigido o código para trocar triângulos positivos e negativos.
• Corrigido o código de interpolação de sinal em static_edge.
• Resolvido um problema de interpolação relacionado com o efeito de cebola iso-superficial orbital: fração de força para a faixa [0,1].
• Orientação de borda de código sólido orbital fixa: isso é necessário para interpolação exata.
• Imprecisões numéricas fixas: apenas um bug dividindo os cubos (como em um tabuleiro de xadrez 3D). Está ótimo agora!
• Depuração do código 3D orbital sólido, aparentemente está funcionando bem, ainda com algumas imprecisões numéricas na superfície.

O que há de novo na versão 0.16.5:

• Os objetos orbitais agora podem ser exportados, importados para o GAMGI arquivos XML nativos. Substituiu a rotina recursiva static_outside por uma versão de loop e stack, removendo assim um gargalo crítico no código orbital sólido. Corrigidos vazamentos de mem no código GTK, erros de sintaxe na seleção de objetos por cor, avisos devido a variáveis ​​não usadas, etc.

O que há de novo na versão 0.16.4:

• ramificações de origem do gamgi e gamgi_exp sincronizadas.
• Atualizado make_local, para incluir os caminhos: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include, usado pelo Ubuntu.
• Corrigido um erro no novo código orbital sólido: o teste r length faz sentido na representação com fio, mas não no sólido!
• O novo código recursivo funciona para matrizes de bits de até 160x160x160, no pior dos casos.
• O código recursivo para localizar superfícies externas está falhando em matrizes de bits maiores que 50x50x50. Procurando por uma alternativa de loop.
• Código orbital: a interpolação de função de onda para produzir a representação baseada em triângulo está funcionando muito bem.
• A renderização sólida 2D baseada em triângulo de superfícies planares em orbitais com base em H agora está bem testada e funcionando bem! Isso é crucial para construir uma representação baseada em octant desses orbitais, onde os usuários podem escolher quais octants mostrar.
• Adicionados novos espelhos, http://atom.ist.utl.pt e ftp://atom.ist.utl.pt, para hospedar futuramente o gamgi.org.
• Adicionou arquivos interessantes de estrutura e informações para beta-quartzo de alta temperatura, beta-cristobalita e beta-trydimite.
• Implementou um novo espelho: http://gamgi.ist.utl.pt/ ou http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Simplificou a maneira como os octants orbitais H são selecionados no modo Wired.
• Para cada octante orbital H, escreveu o código topológico para construir todos os triângulos necessários para descrever a isosuperfície 3D externa (algoritmo tetra-cubos), além dos limites internos de octante 2D.
• Para cada octante orbital H, escrevi e testei o código de array de bits necessário para eliminar as isofassas internas e mostrar apenas o externo.
• Simplificou o código binário do octant em gamgi_chem_orbital.c.

O que há de novo na versão 0.16.3:

• Melhor legibilidade em todos os diálogos Objeto - & gt; Copiar.
• Adicionada documentação para Orbital- & gt; Criar, Orbital- & gt; Copiar, Orbital- & gt; Link e Orbital- & gt; Remover.
• Ajuda atualizada- & gt; Atual e de ajuda- & gt; Tópico para alocar Orbital- & gt; Criar, Orbital- & gt; Copiar, Orbital- & gt; Link; Orbital- & gt; Remover.
• Árvores de gamgi e gamgi_exp sincronizadas.
• Orbital- & gt; Link agora está funcionando bem (listas de orbitais ainda não implementadas).
• Corrigido um erro em todos os arquivos link_object.html, resultando em uma mensagem de erro GAMGI quando o subsistema da Ajuda tentou abrir um desses arquivos.
• Orbital- & gt; A cópia está funcionando bem (listas de orbitais ainda não implementadas).
• Orbital- & gt; A remoção está funcionando bem (listas de orbitais ainda não implementadas).
• Comecei a criar as caixas de diálogo Orbital- & gt; Copiar, Orbital- & gt; Link e Orbital- & gt; Remover.
• O layout do Octants, na caixa de diálogo Orbital- & gt; Criar, é muito mais intuitivo agora.

O que há de novo na versão 0.16.2:

• Versões gamgi / (com GtkGLExt) e gamgi_exp / (com GLX) sincronizadas.
• Filtrar octants de volume agora estão funcionando bem para orbitais H.
• Pesquisa completa dos melhores valores padrão para orbitais baseados em H. A densidade padrão é 1E-6, que é necessária para mostrar todas as regiões em orbitais 6s. Pontos é 50000 x n, o que é um compromisso razoável. O raio padrão é calculado varrendo do último máximo em densidade radial f2r2, mais um comprimento mínimo de 2.0, até que a densidade máxima (pesquisa em theta, phi) se torne menor que a densidade padrão.
• Melhorado, redesenhado a caixa de diálogo Orbital- & gt; Criar.

Os orbitais
• H agora estão funcionando bem no Gamgi. Procurando agora os melhores valores padrão.
• Adicionado todo o código necessário para construir e renderizar orbitais H.
• Código orbital otimizado H para velocidade.
• Para todos os orbitais baseados em hidrogênio de n = 1 a 6, calculamos as distâncias máximas da polinomia radial.
• Para todos os orbitais baseados em hidrogênio de n = 1 a 6, calculamos as distâncias para os zeros de polinomia radial.
• Os objetos orbitais agora podem ser criados, redimensionados (em torno do centro atual), movidos, girados, como qualquer outro objeto Gamgi.
• Concluiu a caixa de diálogo Orbital- & gt; Criar para criar orbitais baseados em hidrogênio.
• Escreveu o código do mecanismo gráfico para renderizar orbitais baseados em hidrogênio no modo pontilhado.
• Adicionamos e testamos os orbitais s, p, d, f, g, h baseados em hidrogênio para n = 6, em coordenadas x, y, cartesianas.

Requisitos :

• GTK +