tigreBrowser

tigreBrowser é uma expressão do navegador modelo gene para resultados de pacote R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Instalação:
tigreBrowser requer Python versão> = 2.5. tigreBrowser pode ser instalado com o seguinte comando:
python setup.py install
Para obter mais informações sobre a instalação de módulos python (por exemplo, a instalação sem permissões de root somente para o usuário atual), ver http://docs.python.org/install/
Iniciar servidor
O servidor web incluído no tigreBrowser deve estar em execução, a fim de usar o navegador resultado real.
Você vai precisar de um arquivo de banco de dados gerado pelo pacote de R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Este pacote contém um arquivo de banco de dados test 'database.sqlite ", que pode ser usado para testar tigreBrowser. O banco de dados de teste foi gerado usando as instruções e exemplos dados incluídos no pacote de tigre.
Executar tigreServer.py para iniciar a interface gráfica do usuário do servidor. A fim de iniciar o navegador o resultado, é preciso primeiro selecionar um arquivo de banco de dados dos quais resultados serão mostrados. Isso pode ser feito selecionando "arquivo de banco de dados Open 'e escolher um arquivo de banco de dados. O arquivo de banco de dados não deve ter permissões de gravação. O servidor pode então ser iniciado clicando em "Iniciar o servidor '. Quando clicado, um rótulo aparece abaixo dos botões para mostrar a URL do navegador do resultado.
O navegador resultado é agora acessível em que URL usando um navegador regular. As instruções sobre como usar o browser estão na próxima seção deste manual. O navegador está disponível até que o servidor é parado com o botão 'Parar o servidor'.
tigreServer.py também pode ser usado, com uma interface de linha de comando. Inicie o script com a opção 'help' para mais detalhes.
Usando o navegador
Seleção de conjunto de dados
A seleção de conjunto de dados determina quais resultados serão visíveis na lista de resultados e em que ordem. A selecção experimento definido é usado para seleccionar o conjunto de experiências. Somente os resultados destas experiências será mostrado na listagem.
Avançar na seleção de conjunto de dados é a seleção de fator de transcrição (TF) ou o conjunto de destino, dependendo se o navegador do resultado é definido como alvo modo ou regulador no ranking modo de classificação (veja instalação). No modo de classificação de destino, a seleção TF está disponível ea lista de resultados contém os resultados para diferentes alvos com o TF dado. No modo de classificação regulador, o conjunto de destino é selecionado ea lista vai mostrar os resultados de diferentes reguladores.
À medida que o número de resultados pode ser alta, os resultados podem ser divididos em várias páginas. "Número de genes por página" selecção pode ser utilizado para ajustar o número de resultados mostraram. Pode ser útil para diminuir o número de resultados, se a página é carregada lentamente devido ao grande número de imagens.
Por fim, a ordem em que os resultados são apresentados pode ser alterada com o "Ordenar por" selecção. Os resultados serão classificados descendingly pelo critério dado.
Filtragem
Os resultados podem ser filtrados por diferentes critérios. Pode-se, por exemplo, mostrar apenas resultados para genes que têm z-score superior a um determinado limite.
É possível combinar vários critérios quando a filtragem. "[+]" Ligação pode ser utilizado para adicionar um outro critério. Um critério pode igualmente ser removido usando o "[-]" ligação (não mostrou, quando há apenas um critério). Quando são utilizados vários critérios, resultado gene deve atender a todos os critérios para ser mostrado na listagem.
A filtragem é activado através "Aplicar Filtros" checkbox.
Destacando
Se genes no banco de dados contém dados complementares, os resultados podem ser destacados usando esses dados. As opções disponíveis são destacando mostrou com as cores associadas a essas opções.
As obras que destacam por mostrando caixas coloridas abaixo os nomes das sondas na listagem resultado para genes que têm dados complementares que corresponde à seleção.
Pesquisa
É possível buscar resultados para os genes dadas. Os trabalhos de busca, digitando vírgula lista de nomes de genes ou de sonda separada da caixa de pesquisa. Alias ​​de gene também pode ser utilizado como uma entrada de pesquisa.
Mostrar resultados
Os resultados para a seleção do conjunto de dados de dado, filtros, realces e pesquisa será mostrou quando botão "Enviar" é clicado. O banco de dados será, então, consultado para resultados que correspondem a selecção dado. "Reset" pode ser usado para limpar todas as seleções e campos de texto.
A lista de resultados contém várias colunas. Na primeira coluna nome de um teste é exibida com um GENENAME associada com a sonda. A seguir ao nome do gene, a figura é a expressão do gene se for definido na base de dados. A coluna seguinte contém os resultados reais de genes. Qualquer dados complementar também é exibido aqui. Figuras experimento será exibido ao lado dos valores de resultado.
. Finalmente, parâmetros da experiência, se inserido no banco de dados, será exibido como uma tabela ao lado das figuras

Requisitos :

• Python