E-Cell System

Sistema E-Cell é um conceito de construção de células virtuais em computadores.
Sistema de E-Cell é uma suite de software orientado a objeto para modelagem, simulação e análise de sistemas complexos de larga escala, como as células biológicas, arquitetados por Kouichi Takahashi e escritos por uma equipe maravilhosa de desenvolvedores. Parte central do sistema, E-Cell Simulation Environment versão 3, permite que muitos componentes acionados por vários algoritmos com diferentes prazos de coexistir.
Projecto E-Cell é um projecto internacional de investigação visando o desenvolvimento de suportes teóricos necessários, tecnologias e plataformas de software para permitir a simulação de células inteiras preciso.
Sistema de E-Cell é composto por três partes principais seguintes:
- E-Cell Simulation Environment (ou E-Cell SE)
- E-Cell Ambiente de Modelagem (ou E-Cell ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Recursos :

• bbli capacidades básicas:
• modelagem e simulação de sistemas complexos orientada a objetos.
• Plug-in arquitetura. Novas classes de usuário a objetos podem ser desenvolvidas, carregado dinamicamente, e usada na simulação.
• interação do usuário em tempo real e visualização durante a simulação.


• Scripting:
• script Python de uma sessão de simulação de manipulação (run / stop / parâmetro / processamento de dados etc ...).
• scripting Python de uma experiência de simulação que envolve várias execuções das sessões de simulação (como ajuste de parâmetros, análise de controle metabólico etc ..)
• Python scripting de geração de arquivo de modelo (por exemplo, para o modelo de construção automatizada de bancos de dados).


• bbli Compatíveis:
• nível SBML 1/2 importação.
• nível SBML 1/2 exportação.


• A computação paralela:
• -Memória compartilhada, paralelização multi-thread de uma única sessão de simulação. (A ser incorporado ao ramo principal).
• Cluster e grade distribuída cálculo de várias sessões de simulação. Sun Grid Engine, (Globus Toolkit).

O que é novo nesta versão:.

• Esta versão adiciona diversas correções de bugs

O que é novo na versão 3.1.107 RC2:

• Corrigido um erro na ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Corrigido um erro na ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

O que é novo na versão 3.1.107 RC1:

• problema compilação fixo no GCC mais recente (& gt; = 4,3). (Moriyoshi)
• pyecs integrado no pyecell. (Moriyoshi)
• ecell.emc Incorporada ecell.ecs para evitar estranheza inicializador estático em alguma plataforma (incluindo Mac OS X). (Moriyoshi)
• Duas frontends GUI (sessão de monitores e modelo-editor) foram renovadas para ser dois pacotes de módulos python, ecell.ui.osogo e ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• GtkSessionMonitor Mudou-se para ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor que reside em ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Renomeado ecell.SessionManager para ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Removido as seguintes constantes de ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)