Topographica

Topographica é um pacote de software para modelagem computacional de mapas neurais.
O objetivo é ajudar os cientistas a entender as funções do cérebro ao nível das cartas topográficas que compõem os sistemas sensoriais e motoras.
Topographica destina-se a complementar os muitos bons simuladores de baixo nível de neurônios que estão disponíveis, tais como Genesis e Neuron. Esses simuladores concentrar em modelar o comportamento interno detalhada de neurônios e pequenas redes de-los.
Topographica se concentra sobre a estrutura em larga escala e função que é visível apenas quando muitos milhares de tais neurônios são conectados em mapas topográficos contendo milhões de conexões.
Muitos fenômenos importantes não podem ser estudados sem essas grandes redes, incluindo a organização bidimensional de orientação visual e mapas de direção de movimento, e objeto de segmentação e processos de agrupamento.
Para fazer com que tais modelos prático, em Topographica a unidade fundamental é uma folha de neurónios, em vez de um neurónio ou de uma parte de um neurónio.
Para a maioria das simulações, as folhas podem ser implementados em um alto nível, que consiste em abstrato-taxa de disparo de neurônios ou integrar-e-fogo.
Quando necessário para a validação ou para fenômenos específicos, Topographica pode facilmente ser estendido usando uma folha que faz a interface de modelos de neurônios mais detalhadas em outros simuladores.
Folhas menos detalhado também pode ser usado temporariamente, por exemplo, ao interagir com o modelo em tempo real.
Durante todo, Topographica torna mais simples de usar um nível adequado de detalhe e complexidade, como determinado pelo poder de computação disponível, os fenômenos de interesse, ea quantidade de dados biológicos disponíveis para validação.
A figura em cima à direita mostra um exemplo modelo Topographica dos primeiros estágios do sistema visual, modelagem como a entrada da retina é transformada pelo tálamo, córtex visual primário e áreas corticais superiores. Porque Topographica é um mapa simulador de propósito geral, ele também suporta qualquer outra modalidade sensorial que é organizada em mapas topográficos, como tato e audição, bem como áreas motoras.
Topographica está disponível gratuitamente para download, e é um projeto open source, cujas capacidades podem ser estendidos e modificados por qualquer usuário. Congratulamo-nos com as contribuições dos usuários, e convidar as pessoas interessadas a se juntar à nossa equipe de desenvolvimento distribuída globalmente.
Embora o código ainda está em desenvolvimento muito ativo, ele está em uso diário em numerosos projetos de pesquisa e aulas acadêmicas.
Dado o ritmo acelerado de desenvolvimento atual, ser um desenvolvedor é provavelmente a melhor maneira de manter-se com todas as alterações.