DendroPy

Ele fornece classes e funções para trabalhar com dados filogenéticos, como árvores e matrizes de caracteres.
Ele também suporta a leitura ea escrita dos dados em uma variedade de formatos de dados filogenéticos padrão, tais como NEXUS, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, etc ..
Além disso, os scripts para a realização de alguns cálculos úteis filogenéticas são distribuídos como parte da biblioteca, como SumTrees, que resume o suporte para divisões ou clades dadas por uma amostra posterior de árvores filogenéticas.
Não são estendidos de documentação e arquivos do tutorial no pacote de download

O que é novo nesta versão:.

• Novas infra-estruturas de metadados anotações:. AnnotationSet e Anotação
• Suporte total de 0,9 NeXML metadados de análise e escrita.
• get_from_url () e read_from_url () métodos permitem agora para a leitura de dados filogenéticos de URL.
• módulo de interoperabilidade Adicionado GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

O que é novo na versão 3.12.2:

• Nova infra-estrutura para anotações de metadados: AnnotationSet e Anotação.
• Suporte total de 0,9 NeXML metadados de análise e escrita.
• get_from_url () e read_from_url () métodos permitem agora para a leitura de dados filogenéticos de URL.
• módulo de interoperabilidade Adicionado GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

O que é novo na versão 3.11.0:

• script de aplicação Nova para concatenação de etiquetas filial do outro lado várias árvores de entrada:. sumlabels.py
• Nova classe interoperabilidade dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. wrapper para Seq-Gen integrado na biblioteca
• New função interoperabilidade dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. wrapper para alinhamento MÚSCULO
• New dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner classe interoperabilidade:. wrapper para RAxML
• método prune_taxa () adicionado ao CharacterMatrix.
• módulos de matemática mudou-se para sua própria sub-embalagem:. dendropy.mathlib
• Novo módulo de matriz e vetor cálculos:. dendropy.mathlib.linearalg
• Novo módulo para cálculo estatístico distância:. dendropy.mathlib.distance
• Família de funções de Mahalanobis cálculo da distância em dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

O que é novo na versão 3.9.0:

• Novos recursos:
• contrastes independentes filogenéticas (PIC) análise agora podem ser realizadas com a classe dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• coalescente contida Simplificado (árvore gene em árvore espécies) de simulação.
• Alterações:
• argumentos palavra-chave para as_string (), write_to_path (), write_to_file, etc. métodos foram otimizadas para tornar-se mais consistente para NEXUS e formatos Newick. Palavras-chave anteriores ainda são suportadas, mas será preterido. O novo conjunto de argumentos suportados pode ser visto no: ref: NEXUS e Newick escrever personalização & # X3C; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; seção.
• NEXUS e Newick formatos atualmente o padrão para diferenciar maiúsculas de minúsculas etiquetas táxon; especificar case_insensitive_taxon_labels = false para maiúsculas e minúsculas.
• Correções de bugs:
• Leitura caráter intercalados matrizes não houve resultados mais longos no bloco seguinte ser ignorados (NEXUS).
• Caught OverflowError ao calcular estatísticas de resumo.

O que é novo na versão 3.8.0:

• objetos árvore agora pode ser rerooted no ponto médio (ver Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Anotações (ou seja, os atributos de árvore, nó ou Borda objetos que tiveram & quot; annotate () & quot; exortou-os) agora podem ser escritos como comentários de metadados (& quot; [& field = value] & quot;) ao escrever NEXUS / formato Newick Se o argumento-chave annotations_as_comments é usado.
• Ao ler em NEXUS / árvores formato Newick, especificando extract_comment_metadata = True irá resultar em comentários de metadados que está sendo puxado em dicionário, com chaves sendo fieldnames e valores sendo os valores de campo.
• Ao ler dados de formato de NEXUS, conjuntos de blocos será processado, e conjuntos de caracteres analisada no CharacterDataMatrix relevante.
• Os conjuntos de caracteres (como, por exemplo, analisado fora de NEXUS CONJUNTOS blocos: veja acima) podem ser exportados como novos objetos CharacterDataMatrix, e sereis salvos / manipulado / etc. independentally.
• Ao escrever em NEXUS ou Newick formatos, o write_item_comments argumento palavra-chave (verdadeiro ou falso) pode controlar se os comentários estendidas associadas a nós em árvores serão gravados ou não.
• classe TopologyCounter adicionado ao dendropy.treesum:. permite rastreamento de frequências de topologia
• treesplits.tree_from_splits () permite a criação de topologia (somente) árvores a partir de um conjunto de divisões.
• A maioria das funcionalidades que costumava ser "dendropy.treemanip 'já foi migrado como métodos nativos da classe dendropy.Tree. 'Dendropy.treemanip' será preterido.
• As árvores podem agora ser podadas com base em uma lista de rótulos de táxons para remover ou manter (anteriormente, os métodos só aceitaria listas de objetos taxon).

O que é novo na versão 3.7.1:

• Novos recursos:
• Implementação do 'General Amostragem Abordagem "(Hartman et al 2010:... amostragem de árvores de modelos evolutivos; Syst Biol 49, 465-476). método de simulação de árvores a partir do modelo nascimento-morte
• Alterações:
• nomes corretos / consistentes para algumas funções de probabilidade.
• Correções de bugs:
• Bug em confirmar a substituição de arquivo de saída ao usar SumTrees '-e' / '- split-arestas'. opção
• referência semi-fossilizado antiga e grisalho para 'taxa_block' corrigido para 'taxon_set'.

O que é novo na versão 3.7.0:.

• migrados para licença BSD

O que é novo na versão 3.6.1:

• SumTrees agora funciona (em modo serial) ao abrigo mais velho versões do Python (ie & # X3C; 2.6).
• Correções de compatibilidade com Python 2.4.x.

O que é novo na versão 3.5.0:

• método Adicionado ladderize (), para ordenar os nós ascendente (default) ou descendente (ladderize (direita = True)) fim.
• Adicionado & quot; besta-summary-árvore & quot; especificação de esquema para processar árvores de consenso BEAST anotados.
• Adicionado novo módulo para interagir com bases de dados NCBI:. dendropy.interop.ncbi

O que é novo na versão 3.4:..

• ez_setup.py Pacote atualizado para a versão mais recente

Requisitos :

• Python 2,4-3,0