Swiss-PdbViewer (aka DeepView) é um aplicativo que fornece uma interface amigável que permite analisar várias proteínas ao mesmo tempo. As proteínas podem ser sobrepostas a fim de deduzir os alinhamentos estruturais e comparar os seus sítios ativos ou quaisquer outras partes relevantes. Mutações de amino ácido, ligações de H, ângulos e as distâncias entre os átomos são fáceis de obter, graças à interface gráfica e menu intuitivo.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) tem sido desenvolvido desde 1994 por Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer está intimamente ligado a SWISS-MODEL, um servidor de modelagem por homologia automatizado desenvolvido no Instituto Suíço de Bioinformática (SIB), no Grupo de Bioinformática Estrutural no Biozentrum em Basel.
Como trabalhar com esses dois programas reduz muito a quantidade de trabalho necessária para gerar modelos, como é possível enfiar uma sequência primária de proteína para um modelo 3D e obter um feedback imediato de quão bem a proteína rosca será aceite pela estrutura de referência, antes de apresentar um pedido para construir laços perdidos e refinar embalagem cadeia lateral.
Swiss-PdbViewer também pode ler mapas de densidade de elétrons, e oferece várias ferramentas para construir dentro da densidade. Além disso, várias ferramentas de modelagem são arquivos integrados e de comando para pacotes de minimização de energia populares podem ser gerados.
Por fim, como um bônus especial, cenas POV-Ray pode ser gerado a partir da visão atual, a fim de fazer imagens impressionantes de qualidade de raio rastreado.
O que é novo nesta versão:
- O átomo Thymine C6 já está corretamente carregado
- Fixa a saída loop infinito POV-Ray da versão PC
- O acidente ocasional ao salvar arquivos PDB (como 2i37) no PC foi corrigido
- Atualizado o endereço do servidor de Uppsala Electron Density Map
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