QuasiRecomb

QuasiRecomb é um aplicativo leve que é executado no console de comando, simulando um modelo de Markov para gerar quasispecies virais. Descreve-se a geração de quasiespie viral e um método para inferir os seus parâmetros por análise dos dados de sequenciação de nova geração. O modelo é validado em dados simulados, mostrando a vantagem de explicitamente o processo de recombinação tendo em conta, e testados aplicando em leituras obtidas a partir de amostras experimentais contra o HIV. Ele oferece uma implementação do algoritmo EM para encontrar estimativas máximas a posteriori dos parâmetros do modelo e um método para estimar a distribuição de cepas virais nas quasispecies

Requisitos :.

Java