LSim sobrepõe densidades de elétrons macromoleculares e calcula uma pontuação de similaridade estrutural. Os seus cálculos escala linearmente com o tamanho das moléculas a serem comparadas.
Os alinhamentos LSim são conceptualmente independentes de elementos estruturais e bioquímicos, por conseguinte, são imparciais e apropriado para estudos de similaridade única proteína-estrutura.
Instalação:
Descompacte o arquivo de distribuição:
tar -xzvf lsim-linux.tar.gz
Mover para diretório de arquivos:
cd lsim.1.0.0
Copiar, mover ou vincular o lsim arquivo executável para um local apropriado -e se certificar lsim é acessível através do ambiente Variável PATH, por exemplo:
cp lsim / usr / local / bin
Definir LSIMDIR variável para apontar para o diretório LSim escolhido, por exemplo:
setenv LSIMDIR /home/olaguer/progs/lsim.1.0.0
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