Bibliosphere Analysis Kit

BiblioSphere oferece uma combinação única de literatura-mining e análise de caminho para os biólogos moleculares interessados ​​na regulação de genes e redes biológicas.
 BiblioSphere Pathway Edition utiliza um banco de dados abrangente de relações modeladas individualmente entre genes, proteínas, complexos, células e tecidos em conjunto com técnicas de mineração de texto up-to-date para extração de conhecimento automatizado para permitir que você ligar seus dados para redes biológicas em diferentes contextos biológicos.
 Use BiblioSphere a

• estender redes biológicas para além da informação via canônica (regulamentação e metabólica)
• mesclar seus resultados de alto rendimento com o conhecimento biológico e sequência de análises baseadas
• executar ao contexto análise via regulatória sensível
• geram via variantes específicas por experimentação
• link caminhos para mecanismos da doença e genes
• fazer avançado delineamento experimental

O que é novo nesta versão:

New e Enhanced Data Sources

• Genomatix Especialista Curadoria Gene-Gene Relações:
   Genomatix integrou a sua base de conhecimentos de propriedade de especialistas de dados com curadoria de regulação gênica em BiblioSphere. Esta fonte de dados única acrescenta a semântica das relações gene-gene para as redes de genes BiblioSphere geradas dinamicamente, fornecendo informações como "Gene A ativa a transcrição do gene B" ou "Gene A interage fisicamente com gene B".
  
• transdução de sinal Pathways:
   Porções de Gene Ontology relevantes para a transdução de sinal, bem como dados compilados da literatura foram combinados para permitir a identificação das vias canônicas ligados à rede focada.
  
• Metabólicas Caminho Associações:
   Associações via metabólica foram integrados para permitir a identificação de eventos metabólicos relevantes para o seu conjunto de genes.
  

• Pathway Veja com especialistas curadoria relações gene-gene
   Grupos de genes são compilados em gráficos de rede dinâmicas facilmente compreensíveis combinando mão curadoria relações gene-gene com dados provenientes de extração de conhecimento automatizado. As redes podem ser personalizados por filtros e focada de uma maneira gene centrada para realizar análise mais curto caminho.
  
• Cellular Localization Vista
   Com base em genes GO Anotações são atribuídos a sua localização subcelular e visualizado como um layout celular diagramado, o que lhe permite identificar as regiões subcelulares e compartimentos relevantes para o seu conjunto de genes.
  

• Gerenciamento de Projetos: Gerenciar suas análises, organizando-os em pastas de projeto. Acesse rapidamente os resultados anteriores com alguns cliques do mouse ou adicionar novas pesquisas para projetos existentes.
  

• Várias pequenas melhorias e correções de bugs

Requisitos :

• Mac OS X 10.2 ou superior
• Java 1.4.1 (update 1 é recomendado)
• conexão com a internet
• a conta de avaliação Genomatix (gratuito)