ZOOM Lite

ZOOM Lite é um software de mapeamento de dados e visualização de sequenciamento de próxima geração. Genomas de entrada Usuários de referência e Illumina / Solexa curto lê arquivos ou AB espaço de cor sólida lê arquivos em vários formatos, como * .fasta, .fastq *, * _seq.txt, etc. * .csfasta ZOOM exibe os resultados de mapeamento destes curta lê na sequência de referência. ZOOM Lite tem um kernel de mapeamento rápido e preciso com base em uma teoria múltiplas espaçadas sementes recém-projetado. Tanto uma única extremidade e extremidade-emparelhado lê de vários comprimentos de 15 bp para 240bp pode ser manuseado. Qualquer número de incompatibilidades e uma inserção / deleção de vários comprimentos entre a leitura ea sua região de destino na sequência de referência são permitidos. Resultados excepcionalmente mapeadas ou melhores (topo norte) resultados para cada leitura será relatado de acordo com as incompatibilidades mínimos e comprimento indel. Índices de qualidade são utilizados para melhorar a precisão de mapeamento. Baseado no kernel do mapeamento, ZOOM Lite permite aos usuários carregar dados de leitura locais e dados de sequência de referência, selecionar os parâmetros adequados, dados do processo de alto volume em paralelo entre até quatro CPUs, monitorar as tarefas em execução, armazenar os resultados do mapeamento, ver os gráficos de os resultados do mapeamento e resultados do mapeamento de saída em qualquer * * .Cama ou formatos de arquivo .GFF para posterior levantamento com as informações da faixa navegador UCSC. A análise dos resultados podem ser vistos em qualquer escala desejada, a partir do gráfico de profundidade de leitura ao longo de um cromossomo inteiro para alinhamentos de sequências detalhadas entre leituras e da sequência de referência. Usuários facilmente navegar para regiões de interesse simplesmente através do clique e arraste ou rolagem. ZOOM Lite é um derivado do software ZOOM Estúdio

O que é novo nesta versão:.

A versão 1.5 inclui formato SAM exportação, arquitetura ajustar, melhor otimização de código, menor programa de tamanho binário, e atualizado engining dabase para um melhor desempenho.