O Spindel é uma abordagem alternativa para identificação biológica com base no comprimento das regiões de genes de ARN ribossómico (ARNr). Em geral, os alinhamentos de sequências do gene de rRNA primário de espécies diferentes mostram regiões alternadas de conservação e variação de nucleótidos, tanto em termos de substituições de nucleótidos (vulgarmente designados por "SNP") e de inserção / deleção (InDel) eventos. A presença de indels resultados em seqüências de comprimentos diferentes e introduz lacunas no alinhamento, tipicamente representados por um traço "-".
O nosso conceito de identificação biológica utiliza sequências de genes de rRNA como se segue: regiões conservadas são usados para definir os segmentos variáveis ("Spindel regiões hipervariáveis") em que uma combinação de sequência de comprimentos é característica de cada espécie (um "perfil Spindel"). Assim, cada espécie pode ser definido por um perfil numérico único.
Em teoria, um levantamento de apenas 6 regiões hipervariáveis com 20 alelos cada um (ou 11 regiões com 5 alelos cada) é suficiente para discriminar todas as espécies eucariotas na Terra, que são estimadas em entre 5 e 15 milhões em número. Na prática, Spindel é capaz de discriminar 93,3% das espécies eucariotas com baixa variação intra-específica e alta resolução filogenética.
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