SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter é uma ferramenta Python gráfica para interativamente segmento de pilhas de imagens de células em tecido com borda rótulos & nbsp (aka esboços brancos.);. As interações são inteiramente baseadas na edição de sementes, que por sua vez são expandidos por um divisor de águas algoritmo. A principal diferença entre SWS e outras ferramentas é que você pode colocar mais de uma semente por célula, que pode ajudá-lo a ajustar os limites de células difíceis.
SWS é construído em cima de wxPython, matplotlib, numpy, scipy e Mahotas.
Na sua essência, ele usa um algoritmo de divisor de águas ultra-rápida (graças ao projeto Mahotas) e permite atualizações em tempo real. Ele tem uma simples interface do usuário (se confuso) e é totalmente interativo, incluindo até mesmo um de nível de desfazer.
A publicação sobre SWS que dá todos estes detalhes e mais em Cytometry Parte A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
O código fonte é espelhado para quatro repositórios e PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
A página do Google Code também tem algumas versões binárias (http://code.google.com/p/seedwater/) que devem funcionar em Windows 32-bit ou 64-bit Linux, mas estes são agora de idade. Por favor, use o método "easy_install" agora.
Para mais detalhes, consulte Python instalar instruções 20XX.txt Você também pode querer ler o manual: SeedWater segmenter V xx Manual.txt
Instalando e executando
Instalação é fácil FINALMENTE!
Na verdade, você pode agora "easy_install SeedWaterSegmenter"
Instruções rápidas:
Windows / Mac:
& Nbsp; Instale Enthought Python Distribuição http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-imaging python-xlrd python-xlwt
Em uma janela cmd (deve executar como administrador no Windows Vista / 7) ou Terminal (Mac / Linux), execute:
& nbsp; easy_install Mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Instruções detalhadas:
A versão mais recente é chamado:
"Python instalar instruções agosto 2012.txt"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python instalar instruções de agosto 2012.txt

Requisitos :

< li> Python