POY

POY é um programa de análise filogenética que suporta vários tipos de dados (por exemplo, morfologia, nucleotídeos, genes e regiões de genes, cromossomas, e genomas inteiros). POY é especial na medida em que pode realizar verdadeiro alinhamento e filogenia inferência ou seja, seqüências de entrada não precisa ser prealigned. Inserções, exclusões e rearranjos, em seguida, pode ser incluído na pontuação geral árvore sob máxima parcimônia, ou no modelo sob máxima verossimilhança. Uma variedade de métodos heurísticos foram desenvolvidas para esta finalidade e são implementadas em POY.