MacMolPlt

MacMolPlt é uma ferramenta de visualização química que pode ser usada para construir moléculas com um construtor de modelo gráfico integrado, criar ficheiros de entrada para o programa computacional GAMESS química, e depois visualizar os resultados das corridas de química computacional. As características incluem um display 3D de alta qualidade, animações de modos normais e seqüências de reação e de saída para uma variedade de formatos, incluindo imagens de alta qualidade e filmes QuickTime e Flash.

• Input usando:
• formato de arquivo MolPlt socou para fora por GAMESS
• colando em coordenadas cartesianas de qualquer GAMESS ou Gaussian arquivo de log
• qualquer entrada GAMESS, faça o login ou arquivo irc
• XMol arquivo XYZ estilo
• arquivos de formato Molden
• Protein Data Bank (PDB arquivos) arquivo
• Chemical Markup Language (CML)
• construir graficamente com um editor interativo molécula
• Construir à mão usando coordenadas internas estilo cartesiano ou Z-Matrix
• display 3D da estrutura e modo Normal
• Animação de modos Normal.
• 3D rotação em tempo real e tradução sob o controle do mouse
• Cálculo de qualquer parâmetro Z-matriz
• Visualmente medida / distâncias, ângulos de visualização e diedros.
• criação automatizada de lineares menor movimento (LLM) caminhos
• 2D e 3D cálculo e exibição de:
• orbitais moleculares (AO das, MO das, ou LMO das)
• Eletrônico Total Densidade
• diferenças de densidade
• Molecular eletrostática Potenciais (MEPMaps)
• Basic gerador de arquivo de entrada para GAMESS
• OpenGL utilizado para a alta qualidade de renderização 3D
• Suporte para simetria molecular
• Gerar simetria átomos dependentes
• Determine átomos únicos simetria
• determinar automaticamente a lista de grupos de pontos de suporte para um conjunto de coordenadas.
• Rotate coordena no princípio orientação adequada
• operadores de exibição de simetria para muitos grupos de pontos
• saída de qualidade de publicação (em cores ou preto e branco) via impressão direta ou copiar e colar em outro aplicativo.
• Saída em uma variedade de formas, incluindo o Windows bitmap, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, Filmes Flash e filmes QuickTime.

O que é novo nesta versão:

Várias melhorias foram feitas ao código de exibição. Opções foram adicionadas ao Painel de 3D dos prefernces para sombreamento suave com e sem sombras.
Adicionado suporte rudimentar para arquivos Mopac.
Adicionado opção para alternar a visibilidade de ab initio, MM, e átomos de EFP.
Melhor suporte para modelo de núcleo potenciais.
Adicionado um gancho no construtor de entrada para o novo programa gamessq.
Melhorou o analisador de arquivo PDB.