InterMine

InterMine fornece rotinas de acesso a datawarehouses alimentados pela tecnologia InterMine.
InterMine é um poderoso sistema aberto de data warehouse. Usando InterMine, você pode criar bancos de dados de dados biológicos acessadas por ferramentas de consulta web sofisticados. Parsers são fornecidos para a integração de dados de diversos formatos biológicas comuns e não há um quadro para adicionar seus próprios dados. InterMine inclui uma atraente interface web amigável que funciona "fora da caixa" e pode ser facilmente personalizado para suas necessidades específicas.
Todo o código InterMine está disponível gratuitamente sob a licença LGPL

O que é novo nesta versão:.

• Ligando para InterMine:
• Existem várias novas formas de ligar em sua mina. Ver links para obter detalhes.
• formatos JSON de serviços Web:
• Existem vários formatos novos resultados webservice. Juntando jsonobjects que apareceram em 0,95, agora temos formatos JSON para praticamente tudo o resto:
• Resultado:
• jsonrows - representação tabular de dados com meta-dados extra
• & quot; jsontable & quot; . - Formato contêiner para a construção de modelos de embutidos (ver: imbedding tutorial)
• & quot; contagem de & quot; e & quot; jsoncount & quot; - Formatos para apenas receber a contagem de uma consulta
• Webservice meta-dados (modelo e modelos):
• & quot; json & quot; - Versões facilmente parsable do modelo de dados e lista de modelos disponíveis
• Autenticação agora trabalhando em Perl Webservice Cliente:
• Os usuários do cliente Perl Webservice agora têm acesso programático para as suas listas e modelos privados. Basta fornecer seus dados de login para o cliente para acessar sua conta (os seus dados são transmitidos em formato criptografado). Este recurso irá trabalhar com todas as minas com webservices, não apenas aqueles em 0,96 e acima.
• Resultados de objeto com Clientes Webservice:
• Os clientes Perl e Java são capazes de obter resultados de volta como objetos (objetos JSON, ou no Perl, inflado até objetos de resultado completo). Isso simplifica alguns problemas de processamento de dados complexos, e lidar com associações externas e coleções.
• Mesas embutidos:
• Você pode agora nativamente incorporar tabelas de dados a partir de qualquer mina com um webservice de apoio em suas páginas web com JavaScript e CSS. Veja o tutorial imbedding para uma demonstração e uma introdução a esta técnica. Certifique-se de brincar com a nova biblioteca JavaScript disponível em http://www.intermine.org/lib/imbedding.
• Registry:
• Nós lançamos um serviço de registo central para implementações InterMine. Isto não só irá servir como um & quot; de Páginas Amarelas, & quot ;, permitindo que os visitantes a descobrir novas fontes de dados e facilitar a interoperação entre as próprias minas, mas também suporta os webservices, fornecendo um registro de urls webservice e versões. Visite o registro por http://www.intermine.org/registry, e ajuda para registrar sua própria mina, visite RegisteringYourMine.
• link redirecionamentos:
• Você pode adicionar uma propriedade a ter links nas páginas de resultados redirecionam para qualquer URL. Veja LinkRedirects para mais informações.

Conteúdo
• Home page:
• A home page para InterMine agora pode ser configurado para exibir informações diferentes com base em se ou não o usuário é novo. Veja HomepageConfig para obter instruções sobre como configurar esse comportamento.
• New tag:
• Nós adicionamos uma nova tag: im: admin. Se você marcar um modelo com im: admin, ele não vai aparecer na sua webapp. Isso é útil para ocultar modelos necessários para webservices do InterMine de seus usuários. Veja marcação de uma lista de todas as marcas disponíveis.
• carregamento da Lista:
• O processo de upload lista foi melhorado.
• Outras alterações:
• Atualização - mais rigorosa correção testes de hipóteses múltiplas em widgets de enriquecimento. & Quot; Número de testes & quot; é agora o número de termos associados com a lista de referência.
• Atualização - mais úteis opções de filtro em widgets enriquecimento
• NOVO - Holm-Bonferroni opção adicional para os widgets de enriquecimento
• Atualização - novo & quot; excluir & quot; botão na página listas
• Atualização - interações displayer carregado via AJAX assim denunciar página carrega mais rápido
• FIX - & quot; pontuação & quot; imagens exibidas corretamente nos resultados de pesquisa
• Atualização - QueryBuilder mais interativo, selecionar um item na lista irá levá-lo de volta para o item original após atualização de página / recarregar
• Atualização - link adicionado ao resumo coluna nos resultados da consulta, a tomada é mais fácil de visualizar valores distintos
• FIX - o login bug relativo usernames caso misto
• FIX - Widget bug ao visualizar depois de exportar dados de widget
• NOVO - consultas de modelo são ordenados por popularidade, a menos que você está logado, caso em que eles são ordenados por data de cada consulta foi executada pela última
• Fix - os dados não são repetidos no & quot; quot variado &; seção sobre páginas de relatório
• Fix - modelos exibidos corretamente na página do relatório, mesmo para subclasses
• FIX - templates render corretamente nas páginas de aspecto
• Atualização - atualizado conversor BioGRID para lidar com mudanças nos mais novos arquivos de dados
• FIX - various & quot; de ouro & quot; tema CSS e imagens melhorado e atualizado
• FIX - questão de segurança segmento abordado no modelo de rastreamento
• Atualização - Widgets de mesa pode agrupar por um atributo, bem como uma classe

Requisitos :

• Python