Expression2Kinases

Profiling mRNA Genome-wide fornece um instantâneo do estado global de células sob condições diferentes. No entanto, os níveis de mRNA não fornecer uma compreensão direta de mecanismos de regulação a montante. Expression2Kinases (X2K) é uma nova abordagem para identificar os reguladores a montante provável responsáveis ​​pelas alterações observadas na expressão gênica em todo o genoma. Ao integrar-ChIP SEQ / chip e posição-peso-matrizes (PWMS) de dados, as interacções proteína-proteína, e reacções de fosforilação de cinase-substrato X2K pode ser usado para identificar os mecanismos reguladores a montante das diferenças do genoma na expressão de gene. A ideia é a primeira inferir os factores com maior probabilidade de transcrição que regulam as diferenças na expressão dos genes, em seguida, utilizar as interacções proteína-proteína para ligar os factores de transcrio identificados utilizando proteínas adicionais para a construção de sub-redes reguladoras da transcrição centrado sobre estes factores, e, finalmente, usar cinase-substrato reacções de fosforilação de proteína, para identificar candidatos e classificação de proteína-quinases que regulam provavelmente a formação dos complexos de transcrição identificados. X2K também contém ferramentas para realizar-list gene analisa enriquecimento e prever as drogas que podem reverter ou agravar mudanças na expressão gênica. . A abordagem X2K pode avançar nossa compreensão da sinalização celular e drogas desvendar mecanismos de ação

Requisitos :

Java Runtime Environment 6.0