PASSOS é um pacote para simulação estocástica exata de sistemas de reação-difusão em geometrias 3D complexas e arbitrárias. O nosso algoritmo de simulação de núcleo é uma implementação de SSA de Gillespie, estendido para lidar com a difusão de moléculas ao longo dos elementos de uma malha tetraédrica 3D.
Quando foi desenvolvido principalmente para simular modelos detalhados das vias de sinalização nas dendrites neuronais e em torno das sinapses, que é um instrumento geral e pode ser utilizado para estudar qualquer via bioquímica em que os gradientes espaciais e morfologia são pensados para desempenhar um papel.
Temos implementado PASSOS como um conjunto de módulos Python, o que significa que os usuários podem usar STEPS scripts Python para controlar todos os aspectos da criação do modelo, gerando uma malha, controlando a simulação e geração e análise de saída. As rotinas computacionais centrais ainda são implementados como C / C ++ módulos de extensão para máxima velocidade de execução.
. PASSOS é distribuído sob licença GPL v3
Requisitos :
- Python
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