Open Babel

Open Babel é uma fonte aberta, software biblioteca livre e multiplataforma colaborativo que foi projetado para funcionar como uma caixa de ferramentas químicas especialmente projetado para reconhecer numerosas línguas de dados químicos. É simplesmente apelidado de & ldquo; The Open Química Toolkit & rdquo;. Recursos em um glanceWith Abrir Babel, os usuários serão capazes de pesquisar, analisar, converter e armazenar dados de química, modelagem molecular, bioquímica, bem como outras áreas afins. Ele suporta uma ampla gama de formatos de arquivo químicos comuns, incluindo Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, SMILES e CML.
Além disso, Open Babel fornece suporte toolkit, MIME química de um programador cheio de recursos, SMARTS matcher, átomo flexível / bond typer, eliminação de hidrogênio e além disso, bitvector classe, transformações de matrizes e vetores, bem como um teste molecular suite.Under o capô e suportado operando systemsOpen Babel é escrito inteiramente na linguagem C ++. It & rsquo; sa software multi-plataforma verdade que suporta GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows e sistemas operacionais Mac OS X. Ambos os computadores de 32 bits e de 64 bits são suportados oficialmente no momento de escrever this.Getting começou com o Open BabelFirst de tudo, nós recomendamos que você instale Abrir Babel usando os pacotes binários pré-construídos a partir dos repositórios de software padrão seu distribuição Linux. Se o seu sistema GNU / Linux doesn & rsquo; t ter o software Open Babel em suas operações compromissadas, em seguida, você & rsquo; terá que compilar e instalação do aplicativo usando as fontes universais arquivar fornecidos Softoware.
Faça o download do arquivo tar (arquivo tar.gz), extraí-lo em um local de sua escolha, abra um emulador de terminal, navegue até a pasta extraída e executar o & ldquo;. Cmake & rdquo; comando (sem aspas) para configurar o projeto. Em seguida, você deve executar o & ldquo; o & rdquo; comando, sem aspas, é claro, para compilá-lo. Por favor, certifique-se de que a ferramenta CMake instalado em seu sistema operacional antes das instruções acima

O que é novo nesta versão:.

• Este lançamento representa uma grande-fix-release bug e deve ser uma atualização estável, altamente recomendado para todos os usuários do Open Babel. Muitos bugs e melhorias foram adicionadas no último ano desde o lançamento 2.3.0.

O que é novo na versão 2.2.2:

• Esta versão representa um grande lançamento de correção de bugs e é uma atualização estável, altamente recomendado para todos os usuários do Open Babel. Enquanto não pode haver muitos novos recursos, muitos travamentos e outros bugs foram corrigidos desde 2.2.1.
• atualizado para a nova versão InChI 1,02 para produzir saída InChI e InChIKey padronizado.
• Corrigido muitos erros Estereoqu�ica ao ler / escrever SMILES. Isso faz parte de um projeto maior, que será concluída na versão 2.3.
• compilação fixo e instalação em plataformas Cygwin e MinGW.
• Melhoria significativa aromaticity e Kekule atribuição de títulos.
• Melhoria 2D - & gt; 3D coordenar geração
• Melhoria coordenar geração utilizando a operação de linha de comando --gen3d
• Melhor desempenho para coordenar geração.
• New --fillUC operação de linha de comando para babel.
• Correções para a adição de hidrogénio dependente do pH.
• Adicionado suporte para leitura de dados de vibração de Molden, Molpro e NWChem arquivos de saída.
• raio atómico Atualizado a partir de cálculos teóricos recentes.
• Corrigido o erro ao ler arquivos Mol2 ou XML gzip comprimidos.
• Fechar arquivos após um erro. Corrige um bug com Pybel onde os arquivos permaneceria aberta.
• Muitas correções de bugs e mais pequenas melhorias de funcionalidades. == Novos Formatos de Arquivos == Importação e Exportação:
• entrada e saída Molpro.
• coordenar VASP arquivos (CONTCAR e POSCAR).

O que é novo na versão 2.2.1:

• interfaces de script melhorado, incluindo Python 3 apoio e melhorou # suporte a Java e C.
• Adicionado suporte para impressões digitais MACCS. Graças ao projeto RDKit.
• Muitas correções e melhorias para o código de campo de força. Em particular, a UFF implementação campo de força deve lidar com muitas mais moléculas.
• Melhoria de coordenadas 3D geração, particularmente com fragmentos de anel. Você pode tentar dar um presente com o utilitário obgen.
• Corrigido uma série de erros de importação PDB com tipos de átomos.
• Adicionado suporte para leitura de acusações e raios de formatos de arquivo PQR.
• Adicionado suporte para leitura e escrita células unitárias em formatos PDB.
• New & quot; saída de & quot; formato de arquivo para tomar genérico & quot; .out & quot ;, & quot; log & quot ;, e & quot; .dat & quot; arquivos e leitura com tipo de arquivo apropriado com base no conteúdo. Atualmente funciona muito bem para pacotes de química quântica.
• Adicionado uma melhor manipulação de erro e relatórios quando não consegue carregar formatos de arquivo.
• suporte melhorado formato de arquivo CIF.
• Muitas, muitas, muitas correções de bugs e pequenas melhorias adicionais.