flexs prevê a conformação e orientação de um dos ligandos em relação ao outro. Em referência a flexs-ligando é assumida para ser rígida, assim, deve ser administrado em uma conformação que é similar ao estado ligado. O algoritmo de superposição em flexs requer apenas um mínimo de intervenção manual. Você pode integrar este conhecimento em cálculos com flexs pela realização das etapas individuais manualmente. Assim, flexs é concebido para trabalho interactivo em pares de ligandos bem como para o rastreio virtual baseada ligando. As duas principais aplicações de flexs estão ligando Super posicionamento (ex. Para CoMFA / QSAR) e triagem virtual. Se você tiver uma proteína e uma pequena ligação a ele molécula (chamada de referência ligante), mas nenhuma estrutura da proteína, você pode tomar a estrutura de referência como uma impressão digital negativo do sítio ativo. Flexs determina a semelhança entre o teste e a estrutura de referência ao alinhar-los. Na triagem virtual, você tem uma referência de ligante e um conjunto de compostos e você está interessado em priorizar os compostos para o teste experimental.
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