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Esta demo totalmente funcional de 4 semanas de CLC Combined Workbench agrega todas as análises de seqüência de DNA de CLC Gene Workbench e todas as análises de seqüência de proteína de CLC Protein Workbench.
O que há de novo nesta versão:
Melhorias
- Atualizado A lista de enzimas de restrição do REBASE.
- Corrigido um problema com a execução do BLAST no macOS Sierra.
- Links PFAM atualizados relatados pelo Pfam
- Corrigido um problema introduzido no CLC Main Workbench 7.7.2 onde enzimas listadas alfabeticamente após RdeGBI estavam faltando informações de metilação
- Várias correções de bugs menores.
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O que há de novo na versão 7.7.2:
Fluxos de trabalho
- As saídas de fluxo de trabalho agora podem ser configuradas de modo que sejam criadas subpastas para conter as saídas.
- Novos espaços reservados estão disponíveis ao definir os nomes das saídas de fluxo de trabalho: {user}, {host} e para elementos do timestamp do objeto de saída, {year}, {month}, {day}, {hour} {Minuto}, {segundo}.
- Os espaços reservados dentro de nomes de saída de fluxo de trabalho que antes estavam disponíveis somente como dígitos agora podem ser especificados usando nomes escritos: {name} é um sinônimo de {1} e {input} é um sinônimo para {2}.
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Ao usar o espaço reservado {2} para nomeação personalizada em elementos de saída de fluxo de trabalho, somente entradas desbloqueadas serão incluídas no nome gerado.
-
No pdf gerado que mostra todos os parâmetros configurados de um fluxo de trabalho, entradas para parâmetros conectados a uma ferramenta ou um elemento de entrada agora listam os nomes dos elementos de definição. Anteriormente, as listagens de parâmetros para esses elementos foram deixadas em branco.
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Quando um nome de ferramenta foi alterado em um fluxo de trabalho, o nome original agora está incluído juntamente com o nome alterado ao exportar parâmetros de fluxo de trabalho.
-
A visão Histórico dos elementos de dados criados usando um fluxo de trabalho agora inclui informações sobre o fluxo de trabalho que os criou.
- A ordem das ferramentas no menu "Adicionar elemento" do fluxo de trabalho agora corresponde à ordem no menu Caixa de ferramentas do Workbench.
- Validação aprimorada do fluxo de trabalho para auxiliar o usuário na identificação de entradas que serão ignoradas devido à configuração dos elementos do fluxo de trabalho.
& nbsp;
Lançamento& nbsp;
- A ferramenta Quick Launch é agora encontrada no menu Toolbox em vez do menu View e um botão chamado Launch que traz essa ferramenta foi adicionado à barra de ferramentas.
-
Agora, as análises podem ser lançadas em elementos de dados listados na tabela de resultados de uma Pesquisa Local, selecionando os elementos de interesse, clicando com o botão direito do mouse e navegando pelo menu de contexto exibido.
& nbsp;
Metadados& nbsp;
- A opção "Remove Association (s)" para remover associações de metadados de elementos de dados selecionados foi adicionada sem a exibição de Elementos de Metadados em um menu de contexto clicando com o botão direito do mouse. A & nbsp;
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Na visualização Metadata Find Associated Data, agora também é possível usar Find in Navigation Area quando várias linhas estiverem selecionadas.
- Ao importar metadados de uma planilha com fórmulas nele, o resultado da avaliação da fórmula (como exibido no Excel) é agora importado, em vez da própria fórmula.
& nbsp;
Geral-
Todas as comunicações do servidor NCBI agora estão criptografadas. (NCBI irá mover todos os serviços web para o protocolo HTTPS em 30 de setembro de 2016). & Nbsp;
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A lista de enzimas pré-instaladas no banco de dados & nbsp; foi atualizada a partir do REBASE.
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A opção "não está na lista" foi introduzida como uma nova opção de filtragem de tabela.
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Leia os detalhes do grupo agora são exibidos na exibição Informações de Elementos das listas de seqüências.
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A importação do GenBank agora também permite nomes de arquivos com extensão 'GBFF'.
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A ferramenta "Classificar pasta" agora usa a classificação numérica para nomes de arquivos prefixados com um número.
- Novos espaços reservados estão disponíveis ao definir os nomes dos produtos exportadores: & nbsp; {User}, & nbsp; {host} e para elementos do timestamp do objeto de saída, {year}, & nbsp; {month}, & nbsp; {day}, & nbsp; {hora, & nbsp; {minuto}, & nbsp; {Second}. & Nbsp;
- Os espaços reservados dentro de nomes de saída de exportação que antes estavam disponíveis apenas como dígitos agora podem ser especificados usando nomes escritos: {input} é sinônimo de {1}, {extension} é sinônimo de {2} e {counter} é um Sinônimo de {3}.
O que há de novo na versão 7.7.1:
- Corrigido um problema que ocorreu ao executar fluxos de trabalho com várias entradas em lote, onde não foram aplicadas alterações a entradas fixas pré-definidas especificadas durante o processo de lançamento.
- Corrigido um problema em que a ferramenta Motif Search informou incorretamente todas as precisões de correspondência como 0% ou 100%.
- Corrigido um problema em que a classificação de uma pasta durante a gravação pode gerar um erro.
- Corrigido um erro na caixa de diálogo do modo em lote que levaria a um erro quando os problemas relacionados ao arquivo subjacente ou ao local de dados foram encontrados.
O que há de novo na versão 7.7:
Importar metadados - importação básica e fácil de metadados. Esta ferramenta complementa as ferramentas disponíveis no Editor de Tabela de Metadados.
O que há de novo na versão 7.6.4:
Correções de bugs- Corrigido um bug quando a busca por seqüências na ferramenta NCB falharia ao fazer o download de seqüências de nucleotídeos com a mensagem de erro "As seguintes seqüências não foram baixadas corretamente.
- Corrigido um problema com o BLAST na etapa NCBI da ferramenta Criar Proteína Report.
- Corrigido um problema causando um erro durante a exportação do VCF, onde os dados envolvidos foram importados originalmente de arquivos VCF e os valores no campo QUAL eram inteiros. & Nbsp;
- A exportação de números de ponto flutuante (decimal) para o formato VCF & nbsp; anteriormente dependia da localidade especificada. Isso foi corrigido para que o & nbsp; separador decimal & nbsp; agora seja sempre um ponto.
- Ao fazer associação automática de metadados, o log agora mostra quais linhas de metadados não foram associadas a nenhum dado.
- Corrigido um bug que impediu que informações de metadados fossem acessadas a partir do Workbench.
- Corrigido um bug em que a associação automática usando uma tabela de metadados armazenada em um servidor CLC falharia.
- A associação automática de metadados agora trata a associação com base no prefixo de nomes de dados e na correspondência exata com todo o nome dos dados.
- Uma tabela de metadados não precisa mais de uma coluna de chave para que suas linhas sejam associadas manualmente a elementos de dados.
- Foi removida uma opção para substituir as funções de metadados anteriormente visíveis na configuração das saídas do Fluxo de Trabalho.
- Corrigido um erro acontecendo quando um Workbench Data Location estava apontando para um arquivo no sistema em vez de uma pasta. Agora ele aparecerá como indisponível na área de navegação do Workbench.
- Habilitou dicas de ferramentas para todos os parâmetros ao configurar e executar fluxos de trabalho.
- O processo de login de um Workbench para um servidor CLC deve agora ser concluído antes de abrir um URL clc.
- Corrigir um problema em Macs onde o Workbench não foi reconhecido como um manipulador de protocolo personalizado para clc: // urls.
- Resolveu uma exceção ocorrendo raro que poderia ser acionada por mudar a visualização do editor com um duplo clique.
O que há de novo na versão 7.6.3:
Novos recursos e melhorias
- O agrupamento em elementos selecionados agora é possível: ele costumava ser restrito a pastas selecionadas.
- Agora é possível selecionar "EST" como banco de dados ao usar a ferramenta Search for Sequences at NCBI.
- A ferramenta Hierarchical Clustering of Samples agora pode ser executada como parte dos fluxos de trabalho e no servidor.
- Melhor gerenciamento de memória ao lidar com grandes elementos de relatório.
- Dicas sobre as folhas de árvores filogenéticas agora exibem uma descrição da seqüência anexada.
- Os números não são mais anexados aos nomes de elementos do Fluxo de Trabalho ao criar uma cópia de um Fluxo de Trabalho usando "Cópia Aberta de Fluxo de Trabalho".
- Gerenciamento de metadados. Acompanhe os arquivos de entrada e importe as informações de meta para suas amostras.
Correções de bugs
- Corrigido um problema raro em que o Workbench exibiria uma mensagem de erro ao instalar um plugin licenciado por terceiros.
- Corrigido um problema em que a seleção de uma entrada em uma tabela de resultados Blast poderia destacar o alinhamento incorreto no editor Blast se a tabela tivesse sido filtrada ou classificada.
- Corrigido um problema em que clicar em uma anotação no editor Design Primers poderia dar origem a uma mensagem de erro.
- Corrigido um problema em que as anotações que abrangiam as extremidades de uma seqüência circular seriam colocadas incorretamente no modo de exibição de seqüência circular.
- Corrigido um bug que causou o congelamento do workbench se certas seqüências foram exibidas em visualização circular com renderização radial de rótulos.
- Corrigido os relatórios exportados com o autor errado em determinadas situações.
- Corrigido um problema no qual Create Box Plot e Principal Component Analysis poderiam às vezes ser executados com argumentos ilegais, levando a uma mensagem de erro.
- A saída da ferramenta Reverse Complement Sequence agora recebe o sufixo -RC anexado ao nome da entrada em vez de -1 antes.
- Corrigido um bug na ferramenta Predict Secondary Structure quando a opção para calcular a função de partição foi selecionada para moléculas longas (& gt; 1000 nucleotídeos).
- Corrigido um problema no qual não foi possível aplicar zoom após o zoom em fluxos de trabalho muito grandes.
- Corrigido um problema que impediu que uma pasta raiz em unidades do Windows fosse usada como Localização de Arquivo.
- Corrigido um problema em que a atualização de uma instalação existente no Windows resultaria na exclusão do arquivo .vmoptions, o que faz com que o Workbench seja executado com a configuração Java padrão.
O que há de novo na versão 7.6.2:
Correções de bugs- Adicionado um trabalho em torno de um problema java que ocasionalmente resultou no Workbench exibindo um erro uninformative e exigindo um reinício para continuar a trabalhar.
- Corrigido um problema com a execução do BLAST no NCBI, onde um erro gerado pelo NCBI sobre o limite de uso da CPU excedido não estava sendo relatado de forma transparente e um resultado de "sem hits" estava sendo relatado.
- Foi aplicada uma correção para evitar uma exceção em circunstâncias em que a limpeza dos arquivos baixados do BLAST falhou.
- A ferramenta Reverse Translate ignorou qualquer código genético especificado nas tabelas de freqüência de codons. Toda a tradução inversa seria, portanto, padrão para o código genético padrão.
- Ao instalar um fluxo de trabalho com dados empacotados, não é mais possível selecionar uma pasta somente leitura para armazenar os dados.
- Corrigido o mostrador errado de "Formato suportado" ao exportar elementos do Editor de Pasta ou do Editor de Pesquisa Local.
- Correção de possíveis arquivos errados sendo salvos ao editar um arquivo encontrado através do Editor de Pesquisa Local.
- As parcelas dentro dos relatórios são agora mostradas com as configurações do painel lateral guardadas.
- Corrigido salvando diferentes cores de linha em gráficos através do painel lateral.
- A opção do painel lateral para mostrar as legendas de um gráfico com mais de 10 amostras está agora ativada.
- Corrigido um problema que gerou um erro ao renderizar gráficos para conjuntos de dados vazios.
- Corrigido um problema em que a opção "Esvaziar Lixeira" não estava, por vezes, incorrectamente disponível.
O que há de novo na versão 7.6.1:
Novos recursos e melhorias- O exportador do GTF está agora disponível para o Main Workbench.
- A experiência Transcriptomics e as tabelas de amostra agora podem ser classificadas, mesmo com um grande número de linhas.
- Exportação de variantes melhorada em Excel, HTML e tabulações (Escolha apenas as anotações / colunas necessárias).
Correções de bugs- Corrigido um erro que afeta a ferramenta "Seqüência de Corte Antes / Depois da Seleção" no editor de Clonagem.
- Corrigido um bug no qual um clique esquerdo seguido rapidamente pelo clique direito era interpretado como um duplo clique no OS X (na lista de resultados de pesquisa de persistência, na árvore de caixa de ferramentas e no editor de fluxo de trabalho).
O que há de novo na versão 7.6:
Novos recursos e melhorias- Faixas:
- Saída consistente ao enriquecer faixas variantes e faixas de anotações com colunas de tabela extra. As trilhas de saída dessas ferramentas agora têm o mesmo número de colunas de tabela adicionadas e as colunas estarão sempre na mesma ordem. Anteriormente, se uma coluna adicionada tivesse valores vazios para todas as linhas de variantes, ela teria sido removida da tabela final, resultando em número variável e ordem relativa de colunas adicionais quando várias amostras foram processadas com as mesmas ferramentas / fluxos de trabalho. Todas as colunas são mantidas agora, facilitando o processamento downstream das tabelas exportadas e fornecendo uma referência visual imediata sobre quais ferramentas de enriquecimento / anotação foram aplicadas, mesmo que elas não produzissem resultados para uma determinada amostra.
- Tabelas para faixas variantes e trilhas de anotações agora podem classificar e filtrar colunas com células contendo vários números.
- Melhorou o visualizador de trilhas para pistas variantes para mostrar a alteração da seqüência na variante renderizada.
- As trilhas de gráficos agora mostram valores negativos preenchidos para cima para y = 0 (conforme o esperado).
- Aumento de decimais para números ao exportar tabela para CSV, tabulação de texto delimitado e Excel.
- Relatório melhorado de erros relacionados ao espaço em disco insuficiente.
O que há de novo na versão 7.5.1:
- Agora é possível executar um fluxo de trabalho sem uma entrada opcional.
- A ferramenta AAC não anotou variantes em 3 'UTR com a sua mudança de nível de DNA usando o formato HGVS c.xxx. Isso afeta qualquer análise feita com o Gx 7.5 ou anterior com base em faixas ENSEMBL CDS de versons mais antigos. A análise AAC deve ser refeita usando Gx 7.5.1 para anotação correta.
- Erro de filtragem Pfam corrigido. Anteriormente, Pfam apenas relatou o primeiro domínio de cada tipo em uma consulta e como conseqüência muitos domínios foram perdidos. Recomendamos que os usuários cuja pesquisa depende das anotações do Pfam voltem a executar a ferramenta em seus dados.
- Corrigido um bug na ferramenta 'Máxima Probabilidade Filogenia' que falhou ao gerar valores de bootstrap para certos alinhamentos de entrada.
- Corrigido o problema com a rolagem para os arquivos relevantes ao selecionar objetos como parâmetros em assistentes de ferramentas.
- Os resultados do texto Blast foram aprimorados para que eles mostrem a consulta correta e as posições do assunto, independentemente da vertente.
- Corrigido um problema que impediu operações BLAST ao optar por executá-las no servidor CLC.
- Agora é possível executar um fluxo de trabalho sem uma entrada opcional.
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