Ilha do Yoshi tem uma jogabilidade única em comparação com outros jogos do Mario. Em vez de Baby Mario / Luigi bebê, Yoshi é a personagem jogável principal. Yoshi tem uma gama de movimentos, tais como inimigos andorinha, convertendo-os em ovos e jogá-los. Se o jogador mantém pressionado o botão de salto, Yoshi vai pedalar seus pés furiosamente no ar; o que lhe permite ficar no ar por um par de segundos e ganhar um pouco de altura extra. Esta manobra flutuante pode ser realizada várias vezes, se necessário. Yoshi pode coletar ovos durante as suas viagens. Estes ovos Yoshi seguir junto até que eles são lançados. Muitos dos quebra-cabeças do jogo envolvem saltando ovos em torno dos níveis ou roçando-os sobre a água para acertar os inimigos distantes ou objetos. Além de ovos, Yoshi também pode recolher as chaves para abrir portas trancadas. Ovos especiais podem ser adquiridos: ovos amarelos, que criam uma moeda quando acertar um inimigo, ovos vermelhos, que criam duas estrelas, e os ovos especiais que piscam, que produzem uma moeda vermelha em cima de bater um inimigo. Ovos, que começam verde, vai virar amarelo, depois vermelho, depois de saltar fora paredes. A terceira vez um ovo atinge a parede, no entanto, é destruído. Raramente, pode-se encontrar Fat Shyguys que, quando digerido, criam ovos verdes gigantes, que estão atiraram, em vez de jogados. Eles criam um terremoto quando bateu no chão, virando todos os inimigos na tela em estrelas. Em alguns níveis, criaturas pato-like (chamado Huffin 'do-mar) pode ser adquirido; estes percorrer uma distância curta antes de voltar para Yoshi. Existem geradores de ovos verdes, que criam um ovo para cada vez que você topar com ele. Caixas idênticas, apenas amarelas e vermelhas, transformar-se em um único ovo de sua cor, em vez de gerar um número infinito. Até seis objectos pode seguir Yoshi de cada vez, se eles são ovos, teclas ou do-mar.
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