O projeto Marvin oferece uma coleção de ferramentas Java para a elaboração, apresentação e caracterização de estruturas químicas, estruturas e reações.
Marvin pode ser facilmente instalado em seu desktop e perfeitamente integrados em páginas web e aplicativos de terceiros através do seu Application Programming Interface (API).
A família Marvin consiste das seguintes ferramentas:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter
Applets ou feijão?
Marvin está disponível em dois pacotes dependendo do uso:
* Marvin Applets para o desenvolvedor web
* Beans Marvin para área de trabalho do químico e para o desenvolvedor de software.
Marvin Applets são ferramentas para a construção de páginas web químicos, que são compatíveis com a maioria dos navegadores (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, etc.) Eles oferecem acesso de / para o JavaScript e são customizáveis por parâmetros do applet.
Marvin Beans são aplicações facilmente instaláveis para a área de trabalho e ferramentas para a integração das capacidades de Marvin em qualquer aplicativo Java
O que é novo nesta versão:.
- MarvinSketch:
- Pesquisa de banco de dados público no chemicalize.org.
- Possibilidade de alterar a ordem ligando em MarvinSketch.
- Fog-efeito pode ser controlado de várias maneiras:
- Existe um controle deslizante na guia Exibir da caixa de diálogo Preferências no esboço / Vista GUI para definir a intensidade da neblina-efeito e uma caixa de seleção para desligar a luz de nevoeiro efeito automático.
- Applet e feijão são introduzidos: fogFactor, automaticFogEnabled. (Tópico do fórum).
- Anexar a um ponto de fixação grupo não desagrupar automaticamente o Sgroup mais.
- Determinação do teor de S-grupo:. Múltiplas e genéricas grupos S tem de conter todo o subgrafo entre os títulos que atravessam os suportes
- Atualização de conteúdo S-grupo se posições de suporte para mudar: ou suportes ou a estrutura é movido .
- incorporação S-grupo e sobreposição são verificados em verificações de consistência molécula.
- SMARTS importação suporta carbonos alifáticos com ligação dupla (tópico do fórum).
- SMILES importação / exportação suporta alenos.
- Gerar nome tradicional para fragmentos dentro de um composto maior (por exemplo, & quot; bromidrato de dextrometorfano & quot;).
- Suporte para conversão de número CAS.
- Melhoria da correção de erros OCR em DocumentExtractor (vírgulas faltantes, tipo parêntese pouco reconhecida, espaços extras, ...).
- Document Extractor em documentos PDF agora dá o número da página de resultados.
- Melhor suporte para nomes comuns na estrutura-a-nome eo nome-a-estrutura. O apoio geral para o nome de importação aumentaram cerca de 5% para o comum e 10% para nomes sistemáticos. Velocidade de conversão é aumentada em cerca de 20%.
- JChem e Marvin Beans instaladores para Windows também extrair script shell para cygwin.
- Preserve grupos exocycyclic nos quadros Bemis-Murcko.
- halogênio pode ter mais do que uma ligação durante a enumeração.
- títulos aromáticas são considerados durante o cálculo do número de ligações duplas para a verificação de propriedade de homologia.
- modo de seleção Lasso pode ser configurado para ser o padrão em MSketchPane (tópico do fórum).
- Uma nova função, isChiral foi adicionado à TopologyAnalyzer.
- New Chmical Termos funções: isQuery (), fieldAsString () .
- Bugfixes:
- caixa Nome não foi atualizada após a criação do grupo, porque a criação de um grupo não aumentou gráfico invariante contagem mudança (tópico do fórum).
- aplicação MarvinSketch não entendia & quot; - {name} & quot; parâmetro de linha de comando.
- Quando a Estrutura & gt; Encontre estruturar menu online foi invocada sob Linux, o navegador padrão não pôde ser detectado para apresentar resultado (tópico do fórum).
- O carregamento do arquivo isotopes.data do cache java falhou, se a sua versão descompactada foi armazenado em cache (ou seja, se a descompressão foi feito automaticamente pelo servidor, e não por Marvin). Tópico do fórum, documentação.
- Objetos gráficos não foram exibidos na janela do resultado da Geometria Plugin.
- Na seta elétron-flow, a caixa azul para destacar foi perdido (tópico do fórum).
- ordem Ligand não foi exibido no cadafalso se as definições foram deletados, mesmo se o & quot; Sempre & quot; opção de exibição foi definida para & quot; ligantes Encomendas & quot; na janela de preferências.
- Índice do átomo multicêntrico se tornou corrupto após a exportação para o formato MDL Mol se ele estava ligado a um grupo R.
- Seta preso a retângulos foi danificado durante MRV importação / exportação (tópico do fórum).
- Importação de uma carta-peptídeo falhou em uma única histidina (tópico do fórum).
- hidrogênios implícitas estão desaparecidas por meio da importação de skc.
- valor da propriedade Null de MolAtom não foi exportado / importado no formato MRV.
- Ao importar certos SMARTS, tipo de vínculo errado foi determinada em vez de ligação simples ou aromático.
- determinadas faixas importados de arquivos CDX desenhadas em ChemDraw foram exibidos na direção errada.
- SMARTS exportação:. 1 átomo de ligação simples vizinho de um anel aromático foi exportado como ligação simples em vez de single / aromático
- Exportar consultas com nó de ligação e grupos R em formato SMARTS estão incorretos.
- A manipulação átomo H era ambígua em expressões Smarts.
- Mol arquivo comentário importação campo falhou.
- A importação de certos SMILES estava errado (tópico do fórum).
- Se o modelo contém uma parte da cadeia que pode ser localizado no destino como uma parte de uma (ou sistema de anel) anel devemos ignorar que parte do modelo.
- The Fine com Hydrogenize opção de Clean3D não desagrupar S-grupos automaticamente (tópico do fórum).
- Molecule.contractSgroups () desarrumada as coordenadas molécula (tópico do fórum).
- hidrogênios explícitas não foram devidamente tidos em conta no cálculo estereoquímica Cis / Trans.
- Tautomer gerador jogou ArrayIndexOutOfBoundsException em alguns casos.
- Homology enumeração produzido moléculas inconsistentes para alguma entrada VMN.
- carga incorreta contar após a aplicação CovalentCounterion fixer.
- O formato de saída log de linha de comando StructureChecker diferiu do formato do assistente de saída.
- ChiralFlagErrorChecker não lidar com quiralidade corretamente. Em vez de calcular quiralidade de dados de paridade, usou uma implementação baseada no método isChiral de TopologyAnalyser.
parâmetros
O que é novo na versão 5.4.0.1:
- Highlighting de setas de fluxo de elétrons estava errado quando a base ou o ponto final foi um vínculo (tópico do fórum).
- configuração do menu Serialized não funcionou.
- O índice do núcleo multicêntrico incorrectamente foi criado durante MDL MOLFile exportação no caso de estruturas em que o grupo R foi ligados ao átomo multicêntrico (títulos de variação de posição).
- hidrogênios implícitas faltavam os átomos após a importação ou a pasta de estruturas / formato de arquivo Esboço Symyx (formato de arquivo SKC) ISIS.
- arquivos CDX incluindo objetos gráficos rodados exportados de versões antigas de ChemDraw não pôde ser importado.
- cálculo Tautomer
- tautômero genérico não era exclusivo o suficiente em alguns casos. Devido à correção, o tautômero genérico é fornecido forma aromático.
- cálculo tautômero Canoncical foi melhorado devido à correção de desaromatização.
- Certas estruturas com hidrogênios explícitas relacionadas com vínculo cunha deu uma exceção durante tautomerização genérico.
- cálculo Volume faltava cxcalc.
- Estrutura Checker jogou NullPointerException em vez de ignorar arquivo de configuração incorreta.
O que é novo na versão 5.1.03.2:
- IUPAC Nome de importação: a conversão de nomes IUPAC para estruturas.
- OLE 2 apoio:. Suporte melhorado de colar MarvinSketch objetos em documentos de escritório MS
- Termos químicas:. Disponíveis de Marvin na linha de comando, API e pode ser usado em scripts Java (em applets)
- Aceleração inicialização do MarvinSketch e MarvinView na inicialização, tanto como versão autônoma, e como componente implementado em outras aplicações.
Requisitos :
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
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