MacMolPlt é uma ferramenta de visualização química que pode ser usada para construir moléculas com um construtor de modelo gráfico integrado, criar ficheiros de entrada para o programa computacional GAMESS química, e depois visualizar os resultados das corridas de química computacional. As características incluem um display 3D de alta qualidade, animações de modos normais e seqüências de reação e de saída para uma variedade de formatos, incluindo imagens de alta qualidade e filmes QuickTime e Flash.
- Input usando:
- formato de arquivo MolPlt socou para fora por GAMESS
- colando em coordenadas cartesianas de qualquer GAMESS ou Gaussian arquivo de log
- qualquer entrada GAMESS, faça o login ou arquivo irc
- XMol arquivo XYZ estilo
- arquivos de formato Molden
- Protein Data Bank (PDB arquivos) arquivo
- Chemical Markup Language (CML)
- construir graficamente com um editor interativo molécula
- Construir à mão usando coordenadas internas estilo cartesiano ou Z-Matrix
- display 3D da estrutura e modo Normal
- Animação de modos Normal.
- 3D rotação em tempo real e tradução sob o controle do mouse
- Cálculo de qualquer parâmetro Z-matriz
- Visualmente medida / distâncias, ângulos de visualização e diedros.
- criação automatizada de lineares menor movimento (LLM) caminhos
- 2D e 3D cálculo e exibição de:
- orbitais moleculares (AO das, MO das, ou LMO das)
- Eletrônico Total Densidade
- diferenças de densidade
- Molecular eletrostática Potenciais (MEPMaps)
- Basic gerador de arquivo de entrada para GAMESS
- OpenGL utilizado para a alta qualidade de renderização 3D
- Suporte para simetria molecular
- Gerar simetria átomos dependentes
- Determine átomos únicos simetria
- determinar automaticamente a lista de grupos de pontos de suporte para um conjunto de coordenadas.
- Rotate coordena no princípio orientação adequada
- operadores de exibição de simetria para muitos grupos de pontos
- saída de qualidade de publicação (em cores ou preto e branco) via impressão direta ou copiar e colar em outro aplicativo.
- Saída em uma variedade de formas, incluindo o Windows bitmap, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, Filmes Flash e filmes QuickTime.
O que é novo nesta versão:
Várias melhorias foram feitas ao código de exibição. Opções foram adicionadas ao Painel de 3D dos prefernces para sombreamento suave com e sem sombras.
Adicionado suporte rudimentar para arquivos Mopac.
Adicionado opção para alternar a visibilidade de ab initio, MM, e átomos de EFP.
Melhor suporte para modelo de núcleo potenciais.
Adicionado um gancho no construtor de entrada para o novo programa gamessq.
Melhorou o analisador de arquivo PDB.
Comentários não encontrado