Jmol

Jmol é um software gráfico de código aberto, multi-plataforma e gratuito que foi originalmente projetado para atuar como visualizador molecular de estruturas químicas 3D. Ele é executado em quatro modos autônomos, como um aplicativo da Web HTML5, um programa Java, um applet Java e um componente do lado do servidor "sem cabeça".

Os principais recursos incluem suporte a renderização 3D de alto desempenho sem exigir hardware de ponta, exporta arquivos para formatos JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ e POV-Ray, suporta células unitárias básicas, suporta RasMol e Chime linguagens de script, bem como a biblioteca JavaScript.

Além disso, o software suporta animações, superfícies, vibrações, orbitais, medições, simetria e operações de célula unitária e formas esquemáticas.

Atualmente, o aplicativo suporta uma ampla gama de formatos de arquivos, dentre os quais podemos citar MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, CIF, XC, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gaussiano, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO e MOPAC.

Além disso, também são suportados CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xDoData, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR e JME. .

Suporta todos os principais navegadores da web

O software foi testado com sucesso em todos os principais navegadores, incluindo o Mozilla Firefox, o Google Chrome, o Internet Explorer, o Opera e o Safari. Os aplicativos de navegador mencionados anteriormente foram testados em todos os sistemas operacionais convencionais (consulte a próxima seção para obter suporte a sistemas operacionais).

Sendo escrito na linguagem de programação Java, o Jmol é um aplicativo independente de plataforma projetado para suportar todas as distribuições GNU / Linux, os sistemas operacionais Microsoft Windows e Mac OS X e qualquer outro sistema operacional no qual o Java Runtime Environment esteja instalado. / p>

O que há de novo nesta versão:

• correção de erro: Jmol SMILES não permite pesquisa por código de inserção - adiciona & quot; ^ & quot; para o código de inserção: [G # 129 ^ A. *]

O que há de novo na versão:

• correção de erro: Jmol SMILES não permitindo pesquisa por código de inserção - - adiciona & quot; ^ & quot; para o código de inserção: [G # 129 ^ A. *]

O que há de novo na versão 14.20.3:

• correção de erro: Jmol SMILES não permitindo a inserção pesquisa de código - adiciona & quot; ^ & quot; para o código de inserção: [G # 129 ^ A. *]

O que há de novo na versão 14.6.5:

• correção de erro: Jmol SMILES não permite pesquisa por código de inserção - adiciona & quot; ^ & quot; para o código de inserção: [G # 129 ^ A. *]

O que há de novo na versão 14.6.1:

• correção de erro: Jmol SMILES não permitindo a inserção pesquisa de código - adiciona & quot; ^ & quot; para o código de inserção: [G # 129 ^ A. *]

O que há de novo na versão 14.4.4 Build 2016.04.22:

• correção de bugs: conjuntos de átomos de anotação não ajustado para hidrogênios adicionados
• correção de erro: 14.3.3_2014.08.02 quebrou o leitor mmCIF
• correção de bugs: leitura de BinaryDocument (arquivo Spartan) quebrada em 14.1.12_2014.03.18

O que há de novo na versão 14.4.4 Build 2016.04.14:

• correção de bugs: conjuntos de átomos de anotação não ajustado para hidrogênios adicionados
• correção de erro: 14.3.3_2014.08.02 quebrou o leitor mmCIF
• correção de bugs: leitura de BinaryDocument (arquivo Spartan) quebrada em 14.1.12_2014.03.18

O que há de novo na versão 14.4.4 Build 2016.03.31:

• correção de bugs: conjuntos de átomos de anotação não ajustado para hidrogênios adicionados
• correção de erro: 14.3.3_2014.08.02 quebrou o leitor mmCIF
• correção de bugs: leitura de BinaryDocument (arquivo Spartan) quebrada em 14.1.12_2014.03.18

O que há de novo na versão 14.4.3 Build 2016.03.02:

• correção de bugs: conjuntos de átomos de anotação não ajustados para hidrogênios adicionados
• correção de erro: 14.3.3_2014.08.02 quebrou o leitor mmCIF
• correção de bugs: leitura de BinaryDocument (arquivo Spartan) quebrada em 14.1.12_2014.03.18

O que há de novo na versão 14.4.3 Build 2016.02.28:

• correção de bugs: conjuntos de átomos de anotação não ajustado para hidrogênios adicionados
• correção de erro: 14.3.3_2014.08.02 quebrou o leitor mmCIF
• correção de bugs: leitura de BinaryDocument (arquivo Spartan) quebrada em 14.1.12_2014.03.18

O que há de novo na versão 14.4.2 Build 2016.02.05:

• correção de bugs: conjuntos de átomos de anotação não ajustado para hidrogênios adicionados
• correção de erro: 14.3.3_2014.08.02 quebrou o leitor mmCIF
• correção de bugs: leitura de BinaryDocument (arquivo Spartan) quebrada em 14.1.12_2014.03.18

O que há de novo na versão 14.4.0 Build 2015.12.02:

• correção de bugs: conjuntos de átomos de anotação não ajustado para hidrogênios adicionados
• correção de erro: 14.3.3_2014.08.02 quebrou o leitor mmCIF
• correção de bugs: leitura de BinaryDocument (arquivo Spartan) quebrada em 14.1.12_2014.03.18

O que há de novo na versão 14.2.15:

• correção de bugs: conjuntos de átomos de anotação não ajustados para hidrogênios adicionados
• correção de erro: 14.3.3_2014.08.02 quebrou o leitor mmCIF
• correção de bugs: leitura de BinaryDocument (arquivo Spartan) quebrada em 14.1.12_2014.03.18

O que há de novo na versão 14.2.13:

• correção de bugs: conjuntos de átomos de anotação não ajustados para adição hidrogênios
• correção de erro: 14.3.3_2014.08.02 quebrou o leitor mmCIF
• correção de bugs: leitura de BinaryDocument (arquivo Spartan) quebrada em 14.1.12_2014.03.18

O que há de novo na versão 14.2.12:

• correção de bugs: conjuntos de átomos de anotação não ajustados para adição hidrogênios
• correção de erro: 14.3.3_2014.08.02 quebrou o leitor mmCIF
• correção de bugs: leitura de BinaryDocument (arquivo Spartan) quebrada em 14.1.12_2014.03.18

O que há de novo na versão 14.1.8 Beta:

• novo recurso - defina cartoonRibose:
• desenha em anéis de ribose, com facetas mostrando franzido
• conecta-se via C4'-C5'-O5'-P explicitamente
• mostra C3'-O3 'para referência.
• desativa cartoonBaseEdges (Edições Leontis-Westhof)
• desativado por SET cartoonBaseEdges ON
• sugerido por Rick Spinney, estado de Ohio
• novo recurso: frame anim [a, b, c, d] funciona com números negativos para indicar intervalos:
• quadro anim [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• leia como "1 a 5 e depois de 10 a 6"
• novo recurso: leitor de arquivos do Tinker (e atualização do leitor do FoldingXYZ):
• Pode usar o Tinker :: mas isso só é necessário se a primeira linha for JUST an atomCount
• acomoda o formato mais antigo do Tinker com n-1 átomos para atomCount
• permite trajetórias e número de modelo desejado
• novo recurso: (na verdade 13.1 mas não documentado) quadro de animação [51 50 49 48 47 46 45 (etc) 27 1 2 3 4 5 6 7 (etc) ....]
• novo recurso: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
• novo recurso: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, "MAPA", "todos")
• novo recurso: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "best")
• novo recurso: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
• novo recurso: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
• novo recurso - x = compare ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
• gera uma ou mais listas de correlações baseadas em SMILES não aromáticas
• inclui opcionalmente átomos de H
• gera opcionalmente todos os mapeamentos de átomos possíveis
• retorna int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• onde an e bn são índices átomo inteiro ou lista quando & quot; all & quot; opção é escolhida.
• o seguinte irá gerar um mapa de correlação de átomos para duas estruturas, incluindo átomos de hidrogênio: arquivos de carregamento & quot; a.mol & quot; ? b.mol? x = compare ({1.1} {2.1} "MAP", "H")
• o seguinte compara o modelo de cafeína do NCI com o da PubChem:
• carregue $ cafeína, carregue append: cafeína, frame *
• selecione 2.1; label% [atomIndex]
• compare {1.1} {2.1} SMILES gire translate
• x = compare ({1.1}, {2.1}, "MAP", "melhorH")
• para (a em x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; selecione atomindex = a1; rótulo @ a2}
• novo recurso: compare {model1} {model2} SMILES:
• não precisa dar SMILES; Jmol pode gerá-lo a partir de {model1}
• novo recurso: x = {*}. find (& quot; SMILES & quot ;, & quot; H & quot;):
• gera SMILES com átomos H explícitos
• correção de bugs: função subestrutura () usando SMILES ao invés de SMARTS, portanto somente estruturas completas;
• correção de erros: melhor trapping de erros e mensagens em métodos relacionados a SMILES
• correção de bugs: torne o webexport discovery de caminho para Jmol.jar e jsmol.zip mais robusto.
• correção de bug: getProperty extractModel não homologando o subconjunto
• correção de bug: set pdbGetHeader TRUE não captura REMARK3 REMARK290 REMARK350
• correção de bug: getProperty (& quot; JSON & quot;, ....) deve envolver o valor em {value: ...}
• correção de erro: MO translúcido persistente quebrado em 11.x
• correção de bugs: show MENU write MENU load MENU todos quebrados em 12.2
• correção de bug: {*} [n] deve estar vazio se nAtoms

O que há de novo na versão 14.0.7:

• Correção de bug: 14.0.6 fatalmente bugado - renderização unitcell e echo, getProperty

O que há de novo na versão 14.0.5:

• Correção de bugs: translucidez de LCAOCartoon quebrada
• Correção de bug: backbone translúcido quebrado
• Correção de bug: leitores pqr, p2n quebrados
• Correção de bug: a propriedade do mapa de isosuperfície xxx pode falhar se a superfície for um fragmento que (de alguma forma) tenha um ponto não associado a um átomo subjacente.

O que há de novo na versão 14.1.5 Beta:

• correção de bugs: translucidez de LCAOCartoon quebrada
• correção de bug: backbone translúcido quebrado
• correção de bugs: leitores pqr, p2n quebrados
• correção de erro: a propriedade do mapa de isosuperfície xxx pode falhar se a superfície for um fragmento que (de alguma forma) possui um ponto não associado a um átomo subjacente.

O que há de novo na versão 14.0.4:

• Correção de bug: rockets quebrados
• Correção de bug: PDB byChain, bySymop não suportado.

O que há de novo na versão 14.0.2:

• correção de bugs: modulação que não faz distinção entre q e t;
• correção de bug: medidas moduladas não funcionam
• correção de bug: não pule o conjunto defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• correção de bugs: a órbita atômica do mapa isosuperficial falha
• correção de bugs: a exibição vibracional de modulação com distâncias não é atualizada
• correção de bug: a vibração desativada causa um aviso desnecessário no console
• correção de bugs: desenhe symop quebrado
• correção de bug: array.mul (matrix3f) trava Jmol
• correção de bug: selecione symop = 1555 quebrado
• correção de bug: definir arrastar arrastarSelecionado não funcionar
• código: CifReader refatorado, separando o código MMCifReader e MSCifReader: menor renomeação / refatoração de métodos em SV
• código: adiciona a interface javajs.api.JSONEncodable
• implementação super simples em org.jmol.script.SV
• permite implementações de javajs para entregar resultados JSON personalizados

O que há de novo na versão 14.1.2 Beta:

• novo recurso: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, expressão):
• melhor que Jmol.evaluate porque result é uma variável JavaScript, não uma string.
• DEPRECANDO JSmol api Jmol.evaluate (applet, expressão)
• novo recurso: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
• retorna código JSON para a propriedade
• permite JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variávelInfo & quot; & quot; alguma expressão & quot;)
• novo recurso: getProperty variableInfo:
• permite a recuperação de variáveis ​​no formato Java ou JSON
• avalia a expressão
• por omissão para & quot; todos & quot;
• novo recurso: modulação ajustável por qet, até d = 3:
• ativação / desativação de modulação (todos os átomos)
• moduation {conjunto de átomos} ativado / desativado
• modulação int q-offset
• modulação x.x t-offset
• modulação {t1 t2 t3}
• modulação {q1 q2 q3} TRUE
• novo recurso: pickedList:
• matriz solicitada de átomos escolhidos recentemente
• pode ser usado da mesma forma que a variável PICKED, mas é ordenada sequencialmente, não temporalmente
• clicar duas vezes na estrutura limpa a lista
• @ {pickedList} [0] átomo escolhido por último
• @ {pickedList} [- 1] átomo próximo ao último selecionado
• @ {pickedList} [- 1] [0] últimos dois átomos escolhidos
• novo recurso: array.pop (), array.push () - semelhante ao JavaScript
• novo recurso: escala de modulação x.x
• novo recurso: legenda & quotxxx & quot; x.x - número de segundos para executar
• novo recurso: modulação 0.2 // define valor-t
• novo recurso: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push (& quot; testing & quot;); print a.pop ()
• novo recurso: selecione o conjunto de átomos ON / OFF:
• ativa ou desativa halos de seleção, além de fazer a seleção
• apenas conveniência
• novo recurso: pt1.mul3 (pt2):
• retorna {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• se ambos não forem pontos, reverte para multiplicação simples
• new reacure: array.mul3 (pt2) - aplica o mul3 a todos os elementos do array
• novo recurso: {atomset} .modulation (type, t):
• entrega P3 (modulação de deslocamento)
• implementado apenas para type = & quot; D & quot; (opcional)
• opcional t é 0 por padrão
• correção de bugs: modulação não distinguindo entre q e t;
• correção de bug: medidas moduladas não funcionam
• correção de bug: não pule o conjunto defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• correção de erro: falha no orifício atômico do mapa de isosuperfície
• correção de bugs: a exibição vibracional de modulação com distâncias não é atualizada
• correção de bug: a vibração desativada causa um aviso desnecessário no console
• correção de bugs: desenhe symop quebrado
• correção de bug: array.mul (matrix3f) trava Jmol
• correção de bugs: selecione symop = 1555 correção de bug quebrada: definir arrastar arrastarSelecionado não funcionar
• código: CifReader refatorado, separando MMCifReader e MSCifReader
• código: menor renomeação / refatoração de métodos em SV
• código: adiciona a interface javajs.api.JSONEncodable:
• implementação super simples em org.jmol.script.SV
• permite implementações de javajs para entregar resultados JSON personalizados

O que há de novo na versão 14.0.1:

• novo recurso: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (padrão 55)
• novo recurso: função load (), como no carregamento de impressão (& quot; xxx & quot;), leitura limitada de arquivo local no applet:
• não há arquivos de diretório raiz
• sem arquivos sem extensão
• nenhum arquivo com qualquer & quot; /. & quot; no caminho
• novo recurso: arquivos JAR assinados com segurança
• novo recurso: os arquivos JAR do applet incluem JNLPs (protocolos de inicialização de rede Java) para o carregamento local de arquivos
• novo recurso: opções de URL do JSmol _USE = _JAR = _J2S = substituições de dados de informações
• novo recurso: (estava presente mas não documentado) print quaternion ([array de quaternions]) - retorna esférico significa a la Buss e Fillmore
• novo recurso: imprimir quaternion ([array of quaternions], true):
• retorna o desvio padrão para a média esférica a la Buss e Fillmore
• unidades são graus angulares
• novo recurso - chamado de valores de módulo de quaternion:
• imprimir quaternio (1,0,0,0)% "matriz"
• as opções incluem w x y z normal eulerzxz eulerzyz vetor teta axisx axisy axisz matriz do axisângulo
• ew recurso - definir celShadingPower:
• define a intensidade do sombreamento cel
• valores inteiros
• o padrão 10 é uma linha grossa
• 5 é uma linha fina
• 0 desliga o sombreamento cel
O valor negativo de
• remove o sombreamento interno - somente o contorno
• opera em pixels com base em fonte normal para luz (energia & gt; 0) ou usuário (energia & lt; 0)
• define a cor como contraste de fundo (preto ou branco) quando normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• novo recurso: relatórios de leitura mmCIF _citation.title no console de script Jmol
• novo recurso: minimize SELECT {atomset} APENAS - a opção SOMENTE exclui todos os outros átomos
• novo recurso: minimize {atomset} - SELECT implícito e SOMENTE
• novo recurso - & quot; extensões & quot; diretórios no JSmol para scripts JS e SPT contribuídos:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• novo recurso: carregar ... filtrar & quot; ADDHYDROGENS & quot; - local set pdbAddHydrogens apenas para um comando load
• novo recurso: compare {1.1} {2.1} BONS SORRISOS
• novo recurso: list = compare ({atomset1} {atomset2} "SMILES" & quot; BONDS & quot;)
• novo recurso: escreva JSON xxx.json
• novo recurso: [# 210] JSON {& quot; mol & quot;: ...} leitor
• ew feature - defina particleRadius:
• raio global para átomos acima do valor de raio máximo (16,0)
• padroniza para 20,0
• novo recurso - filtros CIF e PDB & quot; BYCHAIN ​​& quot; e & quot; BYSYMOP & quot; para particulas de vírus:
• cria apenas um átomo por cadeia ou por symop

O tamanho
• pode ser dimensionado em tamanho maior que o máximo de 16 Angstroms usando, por exemplo:
• defina particleRadius 30;
• spacefill 30; // qualquer número acima de 16 aqui usa particleRadius
• novo recurso: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
• novo recurso: a função symop () permite a simetria do filtro biomolecular para PDB e mmCIF
• novo recurso - isosuperfície SYMMETRY:
• aplica operadores de simetria à isosuperfície
• renderização e criação mais eficientes
• a seleção padrão é {symop = 1} somente
• a coloração padrão é colorir por symop com base em propertyColorScheme
• exemplo:
• carregar o primeiro filtro "biomolécula 1"
• propriedade da cor symop
• isosuperfície sa resolução 0,8 simetria sasurface 0
• novo recurso - nova propriedade de átomo: chainNo:
• sequencialmente de 1 para cada modelo;
• chainNo == 0 significa & quot; nenhuma cadeia & quot; ou cadeia = ''
• novo recurso - novo propertyColorScheme & quot; amigável & quot;:
• esquema de cores amigável à cegueira de cores
• usado no RCSD
• novo recurso: JSpecView completamente livre de Java; inclui RMN 2D e impressão PDF de espectros
• novo recurso - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; qualidade & gt; 1 solicita o modo paisagem:
• usa classes de criação de PDF personalizadas eficientes
• dimensiona a imagem para caber se for muito grande
• novo recurso: JSpecView adiciona PDF e RMN 2D para JavaScript
• novo recurso: carregar & quot; == xxx & quot; FILTRO "NOIDEAL" - Carga de componente qu�ico do PDB utilizando o? Nonideal? conjunto de coordenadas
• correção de bugs: gravar CD removido; ChemDoodle mudou de formato; use JSON em vez
• correção de bug: arquivos PDB e CIF indicaram montagens como PAU como um número negativo grande
• correção de bug: COMPARAR sem rotação inicia loop infinito
• correção de bug: problema de loop com atraso (-1)
• correção de bugs: roda do mouse para o Google Chrome em JavaScript
• correção de bug: correção de menu pop-up JavaScript para alterações de idioma
• correção de bug: componentes principais do JavaScript não estão sendo processados; Jmol._debugCode não reconhecido
• correção de erro: deslocamento da célula unitária incorretamente para biomoléculas; origem incorreta para eixos.
• correção de erro: isosurface / mo FRONTONLY broken
• correção de erros: localização de idiomas quebrada em JavaScript
• correção de erro: o leitor do ADF não está lendo a saída do MO do DIRAC Build 201304052106
• correção de bug: o Safari informa informações amarelas do Jmol em vez de solicitar o applet
• - a tag precisava ser
• correção de erro: o leitor CIF não está manipulando corretamente _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• - conjunto de átomos errado para carga = filtro 3fsx.cif "ASSEMBLY 1"
• correção de bug: [# 558 Problema de compatibilidade com ChemDoodle] Erro JSmol na definição de Number.toString ()
• correção de bug: a roda do mouse não está funcionando corretamente
• correção de bug: o erro do compilador JavaScript J2S não coage int + = float to integer
• correção de bug: opção JavaScript WEBGL interrompida
• correção de bugs: JavaScript NMRCalculation não acessa recursos
• correção de bugs: estéreo de JavaScript não implementado
• correção de bug: correção de leitor MOL para arquivo de modelo múltiplo (apenas 13.3.9_dev)
• correção de bug: Erro de leitor MOL com carga APPEND - não continua números de átomo
• correção de bug: leitor de modulação CIF que não lê combinações lineares de vetores de onda de célula
• correção de bug: leitura CIF com filtro & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; falha se apenas a operação de identidade
• correção de erro: o leitor mmCIF não está lendo todas as opções de _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• correção de bugs: PDB CRYST entry 1.0 1.0 1.0 90 90 90 deve significar "nenhuma célula unitária" independentemente do filtro de biomoléculas
• correção de bug: laje iso-superficial não está se adaptando bem para moléculas planas como o HEM
• correção de bugs: print userfunc () pode falhar (userfunc () por si só é bom)
• correção de bugs: dentro de (hélice) não implementado para polímeros somente de C-alpha
• correção de bug: _modelTitle não atualizado quando um novo arquivo é carregado ou zapped
• correção de bugs: {*}. symop.all não entrega o operador de simetria apropriadamente
• correção de bug: para ligação tripla em SMILES em URLs
• correção de bugs: build.xml falta de classes de criação de PDF
• correção de bug: seguindo a atualização do Java, adicionando a verificação do caminho adequado para o applet assinado local
• correção de bug: {xxx} .property_xx não salva no estado (quebrado em 8/7/2013 rev 18518)
• correção de bug: Manifestos atualizados para arquivos JAR assinados e não assinados
• correção de erro: falha de gravação
• correção de erro: applet método scriptWait () quebrado
• correção de bug: a sessão do PyMOL pode exibir a célula da unidade após a leitura do estado salvo
• correção de erro: o leitor MMCIF falha em vários tipos de montagem
• correção de bug: leitor CIF & quot; biomolecule 1 & quot; traduzindo para "molecular" em vez de & quot; montagem & quot;
• correção de bug: carregue a trajetória com vários arquivos não funcionando
• correção de bug: o menu de contexto do applet JS não está sendo fechado corretamente na alteração do idioma
• correção de erro: atributo de ID da caixa de seleção de HTML não atribuído
• código: refatoração do código do applet / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• código: refatoração, simplificação de leitores armazenados em buffer e fluxos de entrada em buffer.
• código: refatoração de JavaScript, melhor compilação _... xml
• código: JavaScript Integer, Long, Short, Byte, Float, Double, tudo reformulado
• código: desambiguação do GT ._
• código: Refatorou todas as classes internas desnecessariamente para o nível superior
• código: util isolado / ModulationSet usando api / JmolModulationSet
• code - Toda a localização do idioma do applet é lida a partir de arquivos .po simples:
• como para o JavaScript já
• não é necessário compilar arquivos de classe para idiomas de applet
• sem arquivos .jar de idioma
• o novo diretório jsmol / idioma contém arquivos .po para Java e HTML5
• código: renderização isosuperficial mais rápida adicionando "implícito" frontonly & quot; com selecionar {xxx} APENAS
• código: renderização isosuperficial mais rápida com implícita "propriedade isosuperficialVelação FALSA" em casos relevantes (inteiro)
• code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - consolida todas as referências a URL.getContent () e Class.getResource ()
• código: JavaScript contorna problemas de classe interna com a reatribuição de nomes de variáveis ​​
• code: work-around para eval (functionName) não funciona em JavaScript.
• código: experimentando com oclusão de ambiente
• código: Manifestos obrigatórios adicionados para o Java Ju51 (janeiro de 2014).
• code: JmolOutputChannel movido para javajs.util.OutputChannel
• code: jsmol.php corrigido para permitir & quot; no método saveFile
• código: refatorando o Analisador em javajs.util
• código: o DSSP foi movido para org.jmol.dssx, reduzindo a carga biológica de JSmol em 20K
• código: pacote iText descartado, não mais, como eu escrevi meu próprio criador de PDF

Requisitos :

• Ambiente de tempo de execução do Oracle Java Standard Edition