NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit oferece, de domínio público, bibliotecas portáteis gratuitas sem restrições de uso. Ele funciona em Unix, MS Windows e plataformas Mac OS:
ย ท Networking e comunicação entre processos (IPC) biblioteca com adaptadores iostream
ย ท Biblioteca multithreading
ย ท CGI e Fast-CGI Biblioteca
ย ท HTML Generation Biblioteca
ย ท banco de dados SQL Biblioteca Acesso
ย ท C ++ biblioteca wrapper para BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream Adaptor / Wrapper Biblioteca
ย ท GZIP e BZ2 C ++ Wrapper Biblioteca com adaptadores iostream
ย ท ASN.1 e XML serialização Biblioteca com C ++ Código Generator Tool (Datatool)
ย ท Data e Hora Biblioteca
ย ท Arquivo Biblioteca Função Sistema
ย ท argumento de linha de comando, Configuração e Biblioteca de processamento de Meio Ambiente
ย ท Sequence Alignment Algoritmos Biblioteca
ย ท Biblioteca BLAST Motor
ย ท Biológica Sequências Retrieval e Biblioteca de processamento
ย ท bibliotecas FLTK portátil e GUI baseado em OpenGL e gráficos
Além do acima exposto, há um lote inteiro bibliotecas mais úteis, tanto para fins gerais e relacionadas à biotecnologia que estão constantemente desenvolvido, mantido e utilizado na produção da vida real por centenas de Web e aplicativos autônomos e seus programadores (também contado em centenas).
Se você é um desenvolvedor C ++ você vai encontrar a natureza portátil das bibliotecas muito úteis na construção de aplicações multi-plataforma, mesmo se você não tem muito interesse em Bioinformática. Bibliotecas, como aqueles para a CGI / Fast-CGI, HTML, Networking, Acesso banco de dados SQL, ASN.1 e serialização XML são de uso bastante geral e pode ser usado em uma variedade de aplicações fora do domínio do problema Bioinformática.
O C ++ Toolkit sofre desenvolvimento ativo com as bibliotecas sendo construídas a cada noite. O código fonte está disponível gratuitamente através de FTP e CVS. A documentação para o Toolkit C ++ está disponível on-line no formato NCBI Bookshelf e também o livro como download no formato do Acrobat PDF

O que é novo nesta versão:.

• DESTAQUES:
• Adicionado LDS2 (Local v.2 Armazenamento de Dados), que é baseado em SQLite3, tem novas funcionalidades e um melhor desempenho. Também implementou LDS2 carregador de dados para usar LDS2 do Gerenciador de objetos.
• XmlWrapp -este conveniente API manipulação XML tem sido principalmente acabado (e até mesmo polido).
• Implementado tunneling e autorização de conexões HTTP e tunneling de soquetes seguros, através de proxies HTTP.
• CFormatGuess agora permite distinguir entre GTF, GFF3 e GFF2. É uma mudança, possivelmente quebrando. Para mais detalhes veja abaixo.
• principais partes implementadas de CFeatTree, a classe para organizar recursos definidos em uma seqüência biológica em uma hierarquia que reflete suas relações pai-filho (com base nos subtipos de recurso).
• corelib:
• conversão independente da localidade Implementado de corda para o dobro e costas; bibliotecas centrais alterados para usá-lo.
• NSTR :: Justificar () - para a formatação de parágrafos de texto
.
• CNcbiApplication - fazer FindProgramExecutablePath estático, e mais robusto; adicionar um método GetAppName de alto nível estático. Procure por arquivos de configuração globais em mais casos.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Novo método de expor a lógica determinar qual arquivo (se houver) para carregar
• CEnvironmentCleaner -. Nova classe para descartar as variáveis ​​de ambiente indesejado
• CFileIO - de volta ao comportamento original:. Não fechar o identificador de arquivo se ele é atribuído através SetFileHandle ()
• SÉRIE:
• A serialização de objetos de dados AnyContent - fixo para reconhecer e corretamente as características do processo em seus valores
.
• Corrigida a leitura de dados XML para atribuir um valor padrão elemento quando ele não tem conteúdo.
• Adicionado suporte para seqüências de elementos, em que o elemento tem um valor padrão.
• DataTool:
• geração de código corrigido de:
• objetos de dados escolha;
• tipos binários de dados com atributos.
• conversão corrigida dos valores tipo double para preservar dígitos mais significativos.
• CONNECT:
• opção de soquete keepalive Adicionado (fSOCK_KeepAlive).
• teste de conectividade Adicionado NCBI (CConnTest).
• UTILITES:
• g_FindDataFile -. Nova função para localizar arquivos de dados em (configuráveis) locais padrão
• CChecksumStreamWriter -. Nova classe para calcular soma de verificação dos dados gravados em um córrego
• g_GZip_ScanForChunks () - nova API, para consultar posições fluxo compactado. Adicionado implementação para obter posições para gzip-arquivos separados dentro arquivo gzip concatenadas.
• manipuladores de transmissão Adicionado compressão / descompressão (include / util / compressa / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) actualizado, com uma mudança possivelmente quebrando. A finalidade disto é permitir que CFormatGuess para distinguir entre GTF, GFF3, e GFF2. Atualmente trata da mesma forma todos esses formatos em um valor 'eGtf'. O valor antigo 'eGtf »(3) está sendo substituído por' eGtf_POISONED ', e não será devolvido novamente. O novo valor para 'eGtf' (21) vai significar um arquivo que deve ser lido com CGtfReader (objtools / leitores / gtf_reader.hpp). O novo valor 'eGff3' (22) é para arquivos feito para ser lido com CGff3Reader (objtools / leitores / gff3_reader.hpp), e 'eGff2 »(24) é para arquivos feito para ser lido com CGff2Reader (include / objtools / leitores /gff2_reader.hpp)
• BIO-objetos:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Novo método para ajudar sequências lugar importados de arquivos FASTA com especificações alcance em mais de contexto; envolto por CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (também novo).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Implementar ou melhorar o reconhecimento de mais prefixos (GA, HH, HI, HO-HU, JA-Jo, EAAA-EZZZ, e IAA-IZZ, alguns dos quais correspondem à nova possibilidade de DDBJ TPA dados WGS) e em mistos TPA adesões de proteínas (principalmente a partir de EMBL, mas alguns de GenBank também).
• Distinguir WGS adesões mestre por um novo bit bandeira. Relaxe lógica reconhecimento PDB over-estrito.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. A nova funcionalidade para trabalhar com identificadores de seqüência de texto simples, consignado fora do CFastaReader e generalizada um pouco
• SSeqIdRange - Novo Tipo (completo com analisador e on-the-fly & quot; iterator & quot;) para trabalhar com faixas de Seq-ID, como presente em alguns modificadores de origem FASTA defline
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Opcionalmente aceitar títulos customizados para sequências individuais. Tag gamas de cadeia negativa com os principais "c do.

.
• CFastaReader - Apoiar gamas de cadeia negativa e sintaxe gap compacto de estilo defline da Lantejoula (? & Quot; & gt; N & quot; onde N é um número; ou & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:
• Adicionado de linha de comando opção -num_domain_hits que limita número de domínios conservados por sequência utilizada no cálculo restrições de alinhamento.
• As árvores filogenéticas:
• Adicionado mais elevado nível de interface para calcular árvore filogenética de alinhamentos de seqüência (por exemplo BLAST e resultados cobalto). Classe CPhyTreeCalc calcula árvore filogenética, e CPhyTreeFormater imprime a árvore em formato Newick e Nexus.

BIBLIOTECAS
• Bio-Objeto:
• CheckNumRows implementada () e outros métodos para alinhamentos esparsas.
• Para reduzir a pegada de memória: acrescentou-ganchos ler para reduzir a memória usada por alinhamentos após deserialization; Na-fio agora usa um byte de memória, sempre que possível; Escolha Score.value agora está incorporado no CScore.
• Capitalizar adesão em CSeq_id :: GetLabel ().

MANAGER
• BIO-OBJETO:
• Adicionado métodos de acesso para campos boolean em CTableFieldHandle.
• Adicionado GetBestGeneForFeat () com base em CFeatTree.
• Implementado GetBestOverlappingFeat () em CFeatTree.
• Adicionado rápido cscope :: GetTaxid ().
• carregamento a granel Implementado para acc / ver, gi, rótulo e taxid.
• lacunas de comprimento zero Adicionado verificar para CSeqMap e CSeqVector.
• Implementado GetLength () e GetCoverage () para locais de obrigações.
• Melhorias:
• método auxiliar Adicionado para preencher CFeatTree no local.
• acelerou mapeamento de locais CSeq_loc_mix simples em CFeat_CI.
• mais rigorosa triagem dos recursos no CFeat_CI para evitar ambiguidades.
• getters CSeq_feat_Handle agora trabalham com Seq-tabela apresenta também.
• características Seq-mesa agora suportam campos de usuário multi-nível.
• Não Seq-repto seq-mesas são agora reconhecidos, mesmo que localizado em pedaço de divisão.
• acelerou CBioseq_Handle :: AddId ().
• Otimizado cscope :: AttachXxx ().
• divisão Suporte de anotação nomeado.
• CSeqVector e CanGetRange de CSeqVector_CI () agora retornar falso ao invés de lançar uma exceção.
• Permitir para especificar como lidar com alças existentes em ResetHistory ().
• Otimizado re-parentalidade se mais recursos são adicionados para CFeatTree.
• Adicionado possibilidade de depurar cscope criação / exclusão.
• Muitas alterações na funcionalidade de limpeza do C ++ para imitar a funcionalidade de limpeza que já existe em C. Ainda há mais trabalho a ser feito com BasicCleanup, mas o progresso significativo foi feito. Pouco tem sido feito para ExtendedCleanup ainda.
• CSeq_loc_Mapper agora pode ser inicializado com um GC-Assembly.
• Correções de bugs:
• mapeamento fixo de locais mix de cadeia menos em CFeat_CI.
• Muitas correções na forma CFeatTree vincula recursos.
• Várias correções thread-segurança.
• Corrigido erro de digitação prevenção acrescentando alinha e gráficos para CSeq_annot_EditHandle.
• salvaguarda contra exceções ao ordenar recursos em CFeat_CI.
• GENBANK carregador de dados:
• anotações externos Registered HPRD.
• Adicionado param exclude_wgs_master opcional em leitores pubseqos / pubseqos2.
• carregamento a granel Implementado para acc / ver, gi, rótulo e taxid.
• Adicionado CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Melhoria:
• solicitações de carregamento Use a granel em cscope :: GetBioseqHandles ().
• estatísticas leitor separadas por tipo de blobs carregados.
• Adicionado timestamp para mensagens de depuração do GenBank.
• Use IConnValidator para abrir conexões PubSeqOS.
• Adicionado split-versão aos pedidos do pedaço e subchaves do pedaço no GenBank cache para evitar o uso de pedaços erradas quando o estado de divisão blob é alterado no ID.
• nomes param Adicionado secundárias menos confuso para tempo de espera aberta.
• Não multiplicar repetir contagem por número de conexões.
• Test Manager OBJECT e demo APLICAÇÕES:
• id2_fetch_simple - acrescentou. Opções -id para arbitrárias seq-id
• test_bulkinfo -. Novo aplicativo de teste
• FASTA:
• funcionalidade de tabela recurso C ++ tornou-se mais funcional, como por parte do projeto BankIt.
• asn2flat utilitário
• O grande número de mudanças para flatfile formatador para trazê-lo muito mais próximo estado a libertar-ready (possivelmente liberar pronto neste momento, embora algumas questões relativamente menores permanecem).
• XMLWRAPP:
• falha de segmentação fixo em caso de tomar uma referência à expressão XPath resultados em execução.
• Adicionado ajudantes para obter ID pública, identificação do sistema e nome DTD para subconjuntos externos e internos.
• Adicionado métodos para pesquisa de atributos do nó.
• execução fixo de expressão XPath:. Agora começa a partir do nó dado
• Fixo procura atributos (incluindo padrão) quando um namespace é fornecido.
• Adicionado a capacidade de executar expressão XPath, sem necessidade de registar namespaces explicitamente.
• Adicionado a capacidade de fornecer os recipientes para a recolha de erros e avisos durante a análise de documentos.
• Adicionado a capacidade de modificar os valores e namespaces de atributos padrão do nó.
• Adicionado a capacidade de testar se um atributo é o padrão.
• Adicionado a capacidade de inserir ou remover atributos, tendo em conta os seus namespaces.
• Adicionado a capacidade de retirar declaração XML quando um documento é salvo.
• WindowMasker:
• Adicionado um novo formato de entrada, & quot; & quot ;; seqids com este formato de entrada, a entrada é um arquivo que contém um ID de seqüência em cada linha, e o algoritmo usa o Gerenciador de Bio-Object para procurar as sequências.
• Adicionado uma nova classe CWinMaskConfig, para armazenar todos os parâmetros de configuração WindowMasker. A classe pode ser usado para adicionar os argumentos de linha de comando necessários para CArgDescriptions, e em seguida, obter os parâmetros de configuração dos argumentos de linha de comando.
• BUILD QUADRO (UNIX):
• Interpretar especificações de linha de comando de APP_PROJ ou LIB_PROJ como uma sugestão para limpar outros * Configurações _PROJ não forneceram também lá. (Requer GNU Make;. Constrói com sol fazem continuar a trabalhar como antes)
• Fornecimento mais alvos em subdiretórios:. * _F (Usando makefiles locais planos produzidos sob demanda, ignorando dependências em outras partes da árvore), * _fd (acondicionamento de nível superior Makefile.flat), clean_sources e purge_sources
• Configurar e seus scripts de conveniência (compiladores / unix / sh *.):
• Notável nova bandeira --sem-3psw -. Para não usar com qualquer software de 3rd-party
• Adicionado um cheque de GLEW.
• controlos melhorados para Boost e OpenGL.
• Suporte especificar caminhos executado em Darwin (Mac) sistemas com toolchains modernos.
• BLAST:
• Em Darwin (Mac OS X), construir apenas para processadores Intel mesmo em constrói outra forma universal devido a uma limitação PowerPC toolchain.
• Adicionado suporte para recuperar NCBI Taxonomy IDs para os quais o apoio WindowMasker está disponível.
• permitir a especificação de uma seqüência de consulta junto com múltiplos arquivos de alinhamento de sequências em psiblast.
• Adicionado suporte de banco de dados para mascarar o disco.
• banco de dados Adicionado soft-mascaramento para pesquisas traduzidos.
• Adicionado suporte para btop (operações BLAST de rastreamento) e consulta e comprimento assunto no relatório tabular.
• aplicativos de linha de comando - permitir psiblast para procurar várias consultas, acrescentou -input_type opcional para makeblastdb
• Permitir o uso de melhor hit e XML no modo blast2sequences.
• Melhor desempenho formatação para pesquisas remotas.
• makembindex podem agora construir índice megablast mascarado diretamente de um banco de dados BLAST nucleotídeo usando as informações mascarando armazenado no banco de dados BLAST. Isto é conseguido através -db_mask nova opção de linha de comando para makembindex. A opção aceita o ID de número inteiro do algoritmo de filtragem suportado pela base de dados BLAST. A opção só pode ser aplicada em conjunto com -iformat blastdb.
• Para auxiliar um usuário em descobrir os ids numéricos de algoritmos de filtragem suportados por uma base de dados BLAST, os -show_filters bandeira é introduzido. Aplicando a bandeira com blastdb -iformat e banco de dados BLAST como uma entrada provocar makembindex a saída uma lista de algoritmos de filtragem disponíveis e sair.
• APLICAÇÕES NetCache:
• NetCache é reformulado para incluir os seguintes recursos:
• melhor gestão de espaço em disco;
• trabalho-lock menos com blobs, controle de versão é usada em vez;
• escuta multi-porta e configurações por cliente diferenciador.
• NetCache e ICACHE APIs:
• Use Uint8 em todos os lugares para o tamanho do blob.
• Permitir recuperação blob parcial.
• Introduzida proteção de senha blob; senhas vazias são tratados como nenhuma senha.
• Trabalhadores APIs nó:
• Novo parâmetro para encerrar o nó trabalhador se o seu consumo de memória exceder o limite especificado (parâmetro & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Novo parâmetro para encerrar o nó trabalhador se o seu tempo de execução ultrapasse o limite especificado (parâmetro & quot; total_time_limit & quot;)
.
• aplicações de rede:
• netscheduled
• Corrigido um bug que causou falta de resposta ao comando fila de exclusão.
• remote_app
• Novo parâmetro de configuração (& quot; tmp_dir & quot;). Para controlar como temporário nome do diretório é gerado - para reduzir seu comprimento
• Log blob escrita erro.
• netcache_control
• Permitir recuperação blob parcial.
• New -remove comando para excluir blobs por seus ids.
• Novo parâmetro -auth para especificar cadeia de autenticação para usar.
• Novos comandos -reconf e -reinit para uso pelos administradores NetCache.
• netschedule_control
• modo de compatibilidade Habilitado para tornar o trabalho netschedule_control com nós trabalhadores mais velhos.
• cgi2rcgi.cgi
• Não crie um blob NetCache vazio como um espaço reservado para a mensagem de progresso.
• erros Log grade que são relatados para o usuário.
• Permitir espaços no parâmetro ID de trabalho.
• Suporte a saída das informações status do trabalho em formato JSON.
• Permitir templates HTML personalizado a ser definido por erros da rede e outros eventos.
• Adicionado não-cache cabeçalhos HTTP para evitar o cache de resultados intermediários.
• ncfetch.cgi
• Novo parâmetro para acessar blobs protegidos por senha.
• Interpretar parâmetro extra & quot; filename & quot; como um nome de arquivo para o arquivo baixado.

O que é novo na versão 31 de dezembro de 2008:

• Esta versão adiciona um método para calcular específicos de coluna pseudocounts em PSI-BLAST.
• É refatora a biblioteca de serviços de rede.
• Acrescenta framework de teste de unidade e registro de erros para todas as classes da API do arquivo.
• Ela corrige suporte pthread em IRIX. Ela reforça apoio de serialização XML.
• Ela corrige suporte para Sybase.
• Ele adiciona suporte para tabelas de pesquisa menores para pequenos procedimentos.
• Ele adiciona uma API para recuperar estatísticas carregadora GenBank.
• Tem diversos outros aprimoramentos, speedups e correções de bugs.