Pathomx (anteriormente MetaPath) é um software gráfico open source implementado em IPython, Qt e PyQt, projetado a partir do zero para funcionar como um utilitário interativo para a visualização e análise de dados metabólicos sob GNU / Linux e outros POSIX & nbsp; de funcionamento sistemas. Ele foi inicialmente projetado para ser usado para o processamento de metabolômica data.Features em uma características glanceKey incluem suporte para importação e exportação de RMN (Ressonância Magnética Nuclear) de dados, processamento de espectros, incluindo a normalização, binning e alinhamento, bem como a visualização via metabólica e mineração. Você também será capaz de importar dados genômicos e metabolômica através de várias rotas para visualização em vias especificadas.
Várias anotações de banco de dados MetaCyc também estão incluídos na aplicação Pathomx, entre os quais podemos citar ligações unificação do banco de dados, sinônimos, assim como as vias associadas e reações. Por favor, note que o banco de dados MetaCyc é derivado da API pública.
O aplicativo usa o banco de dados MetaCyc poderosa para a exploração rápida de conjuntos de dados complexos, graças à extensível e plugins configuráveis. Além disso, ele usa as bibliotecas Numpy e SciPy para o número de manipulação, Matplotlib para representação gráfica, nmrglue para importação de dados de RMN, d3.js para gráficos interativos, e scikit-aprender para análise estatística methods.Under o capô e apoiado OSesLooking sob a capa de Pathomx, podemos notar que o pedido tenha sido construída em shell de comandos IPython. Ele também funciona bem em sistemas operacionais Microsoft Windows e Mac OS X, para o qual está disponível para download como pacotes binários pré-compilados. Para GNU / Linux, o software é distribuído somente como um arquivo fonte gzipped compatível com plataformas de hardware de 32 bits e 64 bits.
Ao usar Pathomx, os usuários devem ter em mente que a aplicação faz uso de dados do próprio banco de dados MetaCyc via, que é parte da família BioCyc. A API MetaCyc é usado para gerar o banco de dados fornecido, que é armazenado localmente
O que é novo nesta versão:.
- Um editor visual completamente novo de arrastar e soltar foi adicionado.
- Ele permite que você criar fluxos de trabalho de análise arrastando ferramentas no espaço de trabalho, editando conexões arrastando linhas de dados entre as ferramentas, e usando vistas in-line para obter uma visão geral de processamento atual.
- Os dados podem ser mandado para o espaço de trabalho para importação instante.
- Ele também acrescentou ao vivo per-ferramenta notificações de progresso, bares e indicadores de estado.
- Os erros são sinalizados com a ajuda de texto (dicas sobre ferramentas quando indicado em vermelho).
Requisitos :
- Graphviz
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