ghemical é um pacote de software de química computacional distribuído sob a GNU GPL. Isso significa que o código fonte completo do pacote está disponível, e os usuários são livres para estudar e modificar o pacote. Ghemical é escrito em C ++.
Ghemical projeto tem uma interface gráfica do usuário (que é baseado no GNOME), e suporta ambos os quântica-mecânica (semi-empíricos e ab initio) modelos e modelos de mecânica molecular (há um campo de força Tripos 5.2-like experimental para molecu orgânico também uma ferramenta para modelos reduzidos de proteína [1] está incluído. otimização de geometria, dinâmica molecular e um grande conjunto de ferramentas de visualização estão disponíveis no momento.
Ghemical depende de código externo para fornecer os cálculos de mecânica quântica. Métodos semi-empíricos MNDO, MINDO / 3, AM1 e PM3 vêm do pacote MOPAC7 (Domínio Público), e estão incluídas na distribuição fonte.
O pacote MPQC (GNU GPL) é usado para fornecer métodos ab initio: os métodos baseados na teoria Hartree-Fock são atualmente suportados com conjuntos de bases que vão desde STO-3G para 6-31G **.
O código MPQC não está incluído na distribuição fonte. A fim de usar o ab initio MPQC baseada em métodos em ghemical, primeiro você deve compilar e instalar o programa MPQC para seu sistema, e em seguida, compilar ghemical usando algumas configurações específicas que apontam os programas juntos; consulte o arquivo INSTALL para mais informações. Ghemical também contém o pacote OpenBabel para importação e exportação de muitos tipos de formatos diferentes (assim como outras tarefas).
Instalação
Depois de ter baixado a versão mais recente, você deve extrair todos os arquivos de seu arquivo usando "tar -zxvvf ghemical-1.00.tgz" ou equivalente "gunzip ghemical-1.00.tgz; tar -xvvf ghemical-1.00.tar". Depois disso, por favor leia o "Install" -file você apenas extraídos para obter informações adicionais.
O que há de novo nesta versão:
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