capsídeo é uma plataforma abrangente de código aberto que integra um oleoduto computacional de alto desempenho para identificação da sequência patógeno & nbsp; e caracterização de genomas humanos e transcriptomas em conjunto com um banco de dados escalável resultados e um aplicativo de software baseado na web user-friendly para a gestão, consultando e visualizar os resultados.
Introdução
Você vai precisar de um banco de dados MongoDB, um Python instalação 2,6+ e Apache Tomcat 6 +. Para mais detalhes, leia o wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home
What é novo nesta versão:
- Fixes Mensagem de erro ao executar a subtração e alinhamento não for encontrado
- Mais trabalho sobre a fixação de consultas de longa duração
O que é novo na versão 1.4.2:
- Remove MongoKit dependência
O que é novo na versão 1.4.1:
- Fixes tempo limite cursor por longos estatísticas execução de consultas
O que é novo na versão 1.4.0:
- estatísticas Adiciona enquanto estão sendo executados em vez de todos no final
- Salva id único para genes como uid
O que há de novo na versão 1.2.7:
- Fixes README
O que é novo na versão 1.2.6:
- Subtração filtra unmapped Ao construir mapeados lê
O que é novo na versão 1.2:
- Utility para criar arquivos FastQ de lê unmapped
- Utility para retornar intersecção de arquivos FastQ
- Utility para retornar arquivos FastQ filtro
- Adicionado mapq bandeira limite para subtração
- Gbloader agora podem carregar bactérias e genomas de fungos
- Salva seqüências do genoma para banco de dados usando GridFS
- footprint de memória reduzido ao calcular estatísticas
- uso subprocessos em vez de os.system
- pontuações mapq precisa incluir 0
Filtro
O que é novo na versão 1.1:
- adiciona suporte para o par-end lê
O que é novo na versão 1.0.1:
- Adicionado suporte para autenticação MongoDB
Requisitos :
- Python
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